凌晨闯红灯是会依法被罚款并扣分的。

根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，红灯亮时，是禁止车辆通行的，且这一规定并无时间限制。也就是说，不论是白天、夜晚，还是凌晨，驾驶人都必须严格遵守交通信号灯指示，不得闯红灯。一旦违反，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，将一次记6分；同时，依据《中华人民共和国道路交通安全法》，还将面临二十元以上二百元以下的罚款。

在实际操作中，闯红灯的认定通常通过电子监控设备抓拍三张照片来作为证据，分别记录车辆驶过停止线、到达路中间以及到达对面路口的情况。只要这三张照片都满足条件，就会被认定为闯红灯。值得注意的是，电子监控设备在深夜也会正常工作，对闯红灯等交通违法行为进行记录和处罚。

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果车辆在红灯亮起时只是前轮恰好跨越停车线但立即停住，且没有继续行进，交管部门通常不会对此进行处罚。但如果车辆在过线后还有明显的位置移动，则会被视为违规，并遭受相应的处罚。

总的来说，无论何时何地，驾驶人都应严格遵守交通规则，特别是要遵守交通信号灯的指示，避免闯红灯等违法行为的发生。这不仅是为了避免交通违法带来的处罚，更是为了保障道路交通的安全和畅通，以及自己和他人的生命财产安全。