运管所（交通运输管理部门）对非法运营和危险驾驶的处理方式需根据具体违法行为分别适用不同程序，通常包括行政处罚、证据移送及联合执法等措施。以下分情况详细说明：

一、针对非法运营的处理

1. 行政处罚程序
   根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可擅自从事客运或货运经营的，运管所有权扣押车辆，并处违法所得2倍以上10倍以下罚款（无违法所得或不足2万元的，处3万至10万元罚款）。例如：未取得网约车资质擅自载客，或普通货车违规运输危险品等情形均属此列。

2. 证据固定与移送
   若非法运营行为涉嫌构成《刑法》第二百二十五条非法经营罪（如长期大规模非法营运且情节严重），运管所会将案件线索移送公安机关立案侦查，此时可能面临刑事追责。

二、针对危险驾驶的处理

1. 现场执法措施
   根据《道路交通安全法》第九十一条，运管所联合交警部门查处时，若发现驾驶员存在醉酒驾驶、追逐竞驶等危险驾驶行为（属刑法第一百三十三条之一范畴），将立即控制嫌疑人并移交公安机关刑事立案，同时暂扣车辆。

2. 行政处罚衔接
   对未达刑事标准但违反《道路交通安全法》的危险驾驶行为（如严重超速、疲劳驾驶等），运管所可依据第九十条处20-200元罚款；若同时涉及非法运营（如黑车司机危险驾驶），则需并处两项违法行为的行政处罚。

三、特殊情形处理

1. 竞合违法处理
   当同一行为同时触犯非法运营和危险驾驶时（如无资质网约车司机醉驾载客），运管所与公安机关将启动联合办案机制，分别依据《道路运输条例》和《刑法》实施行政处罚与刑事追责，处罚结果独立执行不互相替代。

2. 企业主体责任
   若涉案车辆属于运输企业，运管所将依据《安全生产法》第九十七条对企业处10万至20万元罚款，并责令停业整顿；对直接负责的主管人员处2万至5万元罚款。

温馨提示：具体处理需结合违法情节、证据充分性及地方执法细则综合判定。若您涉及相关案件或需进一步了解程序细节，可直接向我咨询，我将结合最新法规和实务经验为您详细分析。