结论：还款协议经过债权人同意作废后，一般情况下不可以再以此协议为依据进行起诉，但具体还需根据作废协议的具体情况、双方当事人的行为以及是否存在其他相关证据等因素来综合判断。
分析说明：
协议作废的法律效果：
- 当还款协议经过债权人同意作废后，该协议即失去法律效力，双方当事人不再受该协议的约束。这意味着，债权人不能基于已作废的协议来主张权利，债务人也不再承担该协议下的义务。
起诉的依据：
- 起诉通常需要有明确的法律依据和事实依据。在还款协议作废的情况下，如果债权人试图以该协议为依据进行起诉，那么由于协议已失去法律效力，其起诉请求很可能不会被法院支持。
特殊情况下的起诉可能性：
- 存在其他证据：尽管还款协议已作废，但如果债权人能够提供其他证据（如转账记录、聊天记录等）来证明债务人确实存在欠款行为，且该欠款行为与作废的协议无关，那么债权人仍然有可能以此为依据进行起诉。
- 协议作废存在瑕疵：如果还款协议的作废过程存在瑕疵（如未经债务人同意、存在欺诈或胁迫等情形），那么债务人可能有权主张协议作废无效，进而债权人仍有可能基于原协议进行起诉。但这种情况需要债务人提出抗辩，并由法院进行审理和判断。
- 后续协议或行为：如果双方当事人在作废还款协议后，又签订了新的协议或进行了其他相关行为（如债务人部分还款、债权人出具收条等），那么这些新的协议或行为可能构成新的法律关系，债权人可以基于这些新的法律关系进行起诉。
法律建议：
- 对于债权人而言，在还款协议作废后，如果仍然认为债务人存在欠款行为，应当积极收集其他相关证据，以支持自己的起诉请求。同时，也可以考虑与债务人进行协商，寻求其他解决方案（如重新签订还款协议、达成和解协议等）。
- 对于债务人而言，如果债权人试图以已作废的协议为依据进行起诉，应当及时提出抗辩，并提供相关证据证明协议已作废或作废过程存在瑕疵。同时，也可以考虑与债权人进行协商，寻求和解或调解等解决方案。
后续行动与风险：
- 如果债权人决定起诉，应当准备好相关证据材料，并按照法院的要求进行诉讼程序。但需要注意的是，由于协议已作废，其起诉请求可能面临被法院驳回的风险。
- 如果债务人收到法院的传票或相关法律文书，应当及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并积极应对诉讼程序。