在机动车交通事故责任纠纷中，当申请维修费鉴定但鉴定结论不确定时，可按以下方式处理和认定：

1. 审查鉴定程序与依据：首先，需审查鉴定机构的鉴定程序是否合法合规，以及鉴定所依据的标准、方法是否科学合理。如果鉴定程序存在瑕疵或依据不足，可能导致鉴定结论的不确定性。在此情况下，法院或仲裁机构可能会要求鉴定机构补充鉴定材料、重新鉴定或解释说明，以确保鉴定结论的准确性和可靠性。
2. 结合其他证据综合判断：在鉴定结论不确定的情况下，不能仅凭鉴定结论来认定维修费用。此时，应结合其他相关证据，如维修发票、维修清单、车辆损坏照片、事故现场勘查记录等，来综合判断维修费用的合理性和必要性。这些证据可以相互印证，形成完整的证据链，为法院或仲裁机构提供更全面的判断依据。
3. 考虑市场价格与实际情况：在认定维修费用时，还应考虑市场价格和实际情况。如果鉴定结论中的维修费用明显高于市场价格或实际情况，且没有合理的解释和依据，那么法院或仲裁机构可能会根据市场价格和实际情况来调整维修费用。这有助于确保维修费用的合理性和公平性。
4. 专家辅助人意见：在鉴定结论不确定或存在争议的情况下，法院或仲裁机构还可以邀请相关领域的专家作为辅助人出庭，就维修费用的认定问题提供专业意见。专家辅助人的意见可以作为法院或仲裁机构判断维修费用的重要参考。

总结来说，在机动车交通事故责任纠纷中，当维修费鉴定结论不确定时，应通过审查鉴定程序与依据、结合其他证据综合判断、考虑市场价格与实际情况以及参考专家辅助人意见等方式来认定维修费用。如有更多相关法律问题，可以直接向我咨询。