事实劳动关系的认定主要由劳动争议仲裁委员会、人民法院以及劳动行政部门负责，具体认定过程需结合实际用工事实、管理与监督关系、业务关联性及相应证据材料进行综合判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、认定主体
劳动争议仲裁委员会
- 当劳动者与用人单位就事实劳动关系产生争议，且双方无法协商解决时，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。仲裁委员会将依据双方提供的证据，如工资支付凭证、工作证、考勤记录等，进行审查和质证，最终作出裁决，确认是否存在事实劳动关系。
人民法院
- 若劳动者对仲裁裁决不服，或符合法定条件直接向人民法院提起诉讼，法院将依法进行审理。在审理过程中，法院将综合考量双方提供的证据，包括但不限于劳动合同（虽未签订但可辅助证明）、工资支付记录、社会保险缴纳记录等，以判断事实劳动关系的存在与否。
劳动行政部门
- 劳动行政部门在进行劳动监察时，若发现用人单位可能存在事实劳动关系问题，如未签订劳动合同但实际用工等，将依法进行调查取证。根据调查结果，劳动行政部门可以认定事实劳动关系，并对违法行为进行处理。
二、认定依据与所需凭证
在认定事实劳动关系时，应综合考虑以下因素，并参照以下凭证：
- 实际用工事实：劳动者提供劳动，用人单位接受并支付报酬，这是认定事实劳动关系的基础。
- 管理与监督关系：劳动者接受用人单位持续性的管理、指挥和监督，形成管理与被管理的行政隶属关系。
- 业务关联性：劳动者提供的劳动是用人单位业务的重要组成部分，且持续存在。
- 所需凭证：
- 工资支付凭证或记录、社会保险费缴纳记录；
- 用人单位发放的工作证、服务证等身份证明证件；
- 劳动者填写的招工招聘登记表、报名表等招用记录；
- 考勤记录；
- 其他劳动者的证言（需结合其他证据综合判断）。
三、法律后果
一旦事实劳动关系被认定，双方即建立正式的劳动关系，享有和承担劳动法上的权利和义务。这包括但不限于：
- 劳动者权益：劳动者有权获得劳动报酬、休息休假、社会保险等权益；
- 用人单位义务：用人单位有义务提供符合规定的劳动条件、保障劳动者合法权益，如支付加班费、提供劳动保护等。
四、实际操作建议
在实际操作中，若双方对事实劳动关系存在争议，建议采取以下措施：
- 收集证据：劳动者应尽可能收集与用人单位存在实际用工关系的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等；
- 协商解决：双方可尝试通过协商解决争议，达成一致意见；
- 申请仲裁或提起诉讼：若协商无果，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，事实劳动关系的认定是一个综合考量多种因素和证据的过程。若您在实际操作中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。