员工自离时，工资的扣除并非随意进行，而是需要严格遵循劳动法律法规，并结合劳动合同的约定以及企业的规章制度来综合分析。以下是对这一问题的详细解答：
一、自离时工资支付与扣除的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，劳动者享有取得报酬的权利，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且用人单位不得克扣或者无故拖欠。这意味着，即使员工自离，只要其已经实际提供了劳动，用人单位就应当支付相应的劳动报酬。
二、自离时可能扣除工资的情形
因自离给单位造成经济损失的赔偿：
- 如果员工的自离行为给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致的损失、损坏公司财物等，用人单位可以要求员工进行赔偿。
- 赔偿金额的计算应合理，且每月从工资中扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
按旷工处理：
- 自离通常被视为旷工行为，工厂或企业可能根据规章制度扣除相应天数的工资。例如，如果员工的日薪是200元，旷工3天则可能扣除600元。
- 若旷工天数达到公司规定的解雇条件（如连续3天或累计5天），员工可能被直接辞退，且不支付当月全勤奖或其他补贴。
工作交接未完成导致的损失：
- 如果员工自离导致项目延误、设备损坏或客户流失等，工厂或企业可能要求员工赔偿部分经济损失。
培训服务期违约：
- 如果工厂或企业曾出资为员工提供专项培训，并约定了服务期，员工自离则需按比例退还培训费用。
其他合理费用：
- 如员工未归还工装、工具或造成财物损坏，工厂或企业可从工资中扣除相应费用。
三、工厂或企业不能随意扣工资的情形
不得以“自离”为由全额扣发工资：
- 劳动者已付出劳动的，应获得相应报酬。例如，员工工作至本月15日后自离，应发放前15天的工资。
不得扣除与损失无关的费用：
不得低于最低工资标准：
四、建议处理方式
优先协商：
- 与工厂或企业沟通，说明自离原因（如家庭急事、健康问题等），争取协商解决工资问题。
保留证据：
- 保存考勤记录、工资条、劳动合同等材料，作为维权依据。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张补发被克扣的工资。
法律咨询：
- 在复杂情况下，建议咨询专业律师，评估胜诉概率及维权成本。
五、注意事项
- 避免冲动自离：尽量按公司流程办理离职，减少不必要的纠纷。
- 警惕霸王条款：若劳动合同或规章制度中存在“自离一律扣半月工资”等不合理条款，可通过法律途径主张无效。
- 关注时效性：劳动仲裁需在离职后一年内提出，逾期可能丧失胜诉权。
综上所述，自离时工资的扣除是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。在实际操作中，用人单位和劳动者都应严格遵守相关法律法规，确保工资的支付与扣除合法、合理、有序进行。