结论：物业服务不到位且存在楼顶违建的情况下，业主是否可以申请赔偿，需根据具体情况分析，主要涉及物业服务合同违约和违建侵权两个法律关系。以下从这两个角度详细阐述：

一、物业服务不到位导致的赔偿问题

1. 物业服务合同违约

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第九百四十四条：“业主应当按照约定向物业服务人支付物业费。物业服务人已经按照约定和有关规定提供服务的，业主不得以未接受或者无需接受相关物业服务为由拒绝支付物业费。业主违反约定逾期不支付物业费的，物业服务人可以催告其在合理期限内支付；合理期限届满仍不支付的，物业服务人可以提起诉讼或者申请仲裁。物业服务人不得采取停止供电、供水、供热、供燃气等方式催交物业费。” 同时，若物业服务人未按照约定提供服务，业主有权要求其承担违约责任。
   • 分析：若物业服务合同中明确约定了物业服务的内容和标准，而物业服务人未能达到这些标准，如未及时清理楼顶垃圾、未对违建进行制止或报告等，则构成违约。业主可以依据合同约定，要求物业服务人承担违约责任，包括赔偿损失等。
   • 建议：业主应首先查阅物业服务合同，明确物业服务人的具体职责和违约责任。若确认物业服务人存在违约行为，可先与物业服务人协商解决；协商不成的，可向相关部门投诉或提起诉讼。

2. 赔偿范围

   • 分析：赔偿范围通常包括因物业服务不到位导致的直接损失，如因楼顶违建导致的房屋漏水修复费用、因清洁不到位导致的财产损失等。但需注意，业主需证明这些损失与物业服务不到位之间存在因果关系。
   • 建议：业主在主张赔偿时，应收集相关证据，如照片、视频、维修发票等，以证明损失的存在和与物业服务不到位之间的因果关系。

二、楼顶违建导致的赔偿问题

1. 违建侵权

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百三十六条：“妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。” 以及第二百三十八条：“侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以依法请求损害赔偿，也可以依法请求承担其他民事责任。”
   • 分析：楼顶违建可能侵犯业主的相邻权，如影响通风、采光、排水等。若违建导致业主财产受损或生活受到严重影响，业主有权要求违建者承担侵权责任，包括赔偿损失、排除妨害等。
   • 建议：业主应首先确认违建的具体情况和违建者的身份。若违建者拒不拆除或赔偿，业主可向相关部门投诉或提起诉讼。在诉讼过程中，业主需提供充分证据证明违建的存在、违建者的身份以及违建对其造成的损害。

2. 物业服务人的责任

   • 分析：虽然违建的直接责任人是违建者，但物业服务人作为小区的管理者，有义务对违建进行制止或报告。若物业服务人未履行这一义务，可能需承担一定的管理责任。但需注意，物业服务人的责任通常较为有限，主要限于其管理范围内的职责。
   • 建议：若业主认为物业服务人未履行对违建的制止或报告义务，可先与物业服务人协商解决；协商不成的，可向相关部门投诉或提起诉讼。但需明确，物业服务人的责任并不等同于违建者的责任，业主在主张赔偿时需区分两者。

总结与建议：物业服务不到位且存在楼顶违建的情况下，业主是否可以申请赔偿需根据具体情况分析。若物业服务人存在违约行为或违建者侵犯业主权益，业主有权要求赔偿。但需注意收集相关证据并明确责任主体。若遇到复杂情况或难以解决的问题，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。