申请人和权利人不一致，在房本上没有问题的情况下，通常可能涉及以下几种情形：

1. 购房合同与房产证办理过程中的时间差或操作问题：

   • 在购房过程中，购房合同上的申请人（即购房者）与最终房产证上的权利人（即产权人）理论上应当一致。但在实际操作中，可能存在因时间差或操作失误导致的不一致。例如，购房合同由夫妻一方签订，但房产证办理时因各种原因（如贷款、政策限制等）将产权登记在另一方或双方名下，但在此之前若已有相关协议或操作说明，且房本最终正确反映了产权归属，则这种不一致可能不构成法律问题。不过，若这种不一致是由于操作失误或故意隐瞒导致的，且未得到相关方的认可，则可能引发纠纷。

2. 代持或借名购房情况：

   • 在某些情况下，实际购房人可能因各种原因（如限购、贷款限制等）选择借他人名义购房，即实际出资人为申请人，但房产证上的权利人为名义购房人。这种情况下，虽然房本上显示的权利人看似没有问题，但实际购房人与名义购房人之间会存在一份内部协议，明确双方的权利义务关系。若这种代持或借名购房行为未违反法律法规的强制性规定，且双方协议合法有效，则这种不一致在法律上可能得到认可。然而，若代持或借名购房行为涉及违法违规（如逃避税收、规避限购政策等），则可能面临法律风险。

3. 继承或赠与等产权变更情况：

   • 在房产继承或赠与过程中，原房产证上的权利人可能因去世或自愿赠与等原因将房产转移给继承人或受赠人。在此过程中，若原房产证上的权利人与申请人（即继承人或受赠人）不一致，但经过合法的继承或赠与程序后，房产证上的权利人已变更为申请人，则这种不一致在房本更新后即得到解决。然而，若继承或赠与程序存在瑕疵（如未办理公证、未缴纳相关税费等），则可能影响房产证的变更和产权的合法性。

4. 法律文书或行政决定导致的产权变更：

   • 在某些情况下，房产的产权可能因法律文书（如法院判决书、调解书等）或行政决定（如拆迁补偿决定、行政划拨决定等）而发生变更。若这些法律文书或行政决定明确指定了新的权利人，且该权利人与原房产证上的权利人不一致，但经过合法的变更程序后，房产证上的权利人已更新为新的权利人，则这种不一致在法律上是被认可的。

针对您的情况，若房本上没有问题，即房产证上的权利人已正确反映了当前的产权归属，那么申请人和权利人不一致可能只是购房过程中的一个历史遗留问题或特定操作导致的，并不构成法律上的障碍。然而，为了确保您的权益得到充分保障，我建议您：

• 核实房产证信息：确保房产证上的权利人、房产地址、面积等信息与实际情况一致，且无任何瑕疵或错误。
• 审查相关协议和文件：若存在代持、借名购房、继承、赠与等特殊情况，请务必审查相关协议和文件，确保其合法有效且已得到全面履行。
• 咨询专业律师：若您对房产产权的归属或相关法律问题存在疑虑，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。