事业单位收取别人三千元以下款项的处理方式需根据款项性质及是否合法合规来判定，具体分情况说明如下：

1. 若款项为合法合规的收费
   事业单位若基于法律、行政法规或地方性法规的授权，收取费用（如考试费、培训费、证书工本费等），且收费标准经物价部门核准，即使单次收取金额在三千元以下，也属于合法行为。此时需确保：

   • 收费项目有明确法律依据（如《教育法》对考试费的授权）；
     
   • 收费标准未超出物价部门核定的范围；
     
   • 开具正规财政票据（如非税收入票据），资金纳入财政专户管理。
     若符合上述条件，无需特殊处理，但需留存收费依据及票据备查。

2. 若款项为违规收费
   若事业单位未经批准擅自设立收费项目、扩大收费范围或提高收费标准（如强制收取“赞助费”“管理费”等），即使单次金额不足三千元，仍属于违法行为。此时可能面临：

   • 行政责任：由财政、审计部门责令退还违规所得，对直接负责的主管人员和其他责任人员依法给予处分（《财政违法行为处罚处分条例》第8条）；
     
   • 刑事责任：若违规收费情节严重（如多次违规、数额累计较大），可能构成《刑法》第387条的“单位受贿罪”，对单位判处罚金，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役。
     处理建议：立即停止违规收费行为，清退已收取款项，并主动向主管部门报告整改情况。

3. 若款项为民事往来（如借款、赔偿）
   若事业单位与个人之间存在借款、赔偿等民事法律关系，收取三千元以下款项属于民事行为，需确保：

   • 双方签订书面协议（如借条、赔偿协议），明确金额、用途及还款期限；
     
   • 款项用途合法（如不得用于非法活动）；
     
   • 避免利用事业单位名义为个人债务提供担保（可能涉嫌违规）。
     此类行为需遵循《民法典》合同编规定，建议留存转账记录、协议等证据以防纠纷。

总结：事业单位收费需严格区分行政性收费与民事往来，合法收费需有依据并规范管理，违规收费可能面临行政或刑事处罚，民事往来则需遵守合同法律规则。如有具体场景需进一步分析，可直接向我咨询。