双方约定的公司经营期限三年期满后，主要处理方式取决于公司章程、股东会决议以及相关法律法规的规定，具体有以下几种情况：

1. 正常解散与清算
   根据《公司法》规定，公司章程规定的营业期限届满，属于法定解散事由之一。此时公司应进入清算程序：

   • 股东会决议解散：需由代表三分之二以上表决权的股东通过解散决议，并成立清算组（股东自行清算或申请法院指定清算）。
     
   • 清算流程：包括通知债权人、清理公司财产、编制资产负债表、缴纳税款、清偿债务后，剩余财产按股东出资比例分配。
     
   • 注销登记：清算结束后，需向市场监管部门申请注销公司登记，公司终止。

2. 修改章程延长经营期限
   若股东希望继续经营，可通过以下步骤延长期限：

   • 召开股东会：需代表三分之二以上表决权的股东同意修改公司章程，将经营期限延长至新约定时间（如再延长三年）。
     
   • 变更登记：修改章程后，需在30日内向市场监管部门申请变更登记，否则可能面临行政处罚。
     
   • 注意事项：若部分股东不同意延长，其有权要求公司回购股权或通过股权转让退出，避免强制被绑定继续经营。

3. 未及时处理导致的法律后果

   • 逾期未清算：若公司营业期限届满后未依法清算，债权人可申请法院指定清算组，股东可能对债务承担连带责任。
     
   • 继续经营的风险：若未修改章程或未注销，公司继续以原期限经营可能构成“超期经营”，面临行政处罚（如罚款、吊销营业执照）。
     
   • 股东纠纷：若部分股东主张解散而其他股东反对，可能引发股东压制诉讼，需通过法律途径解决。

建议行动步骤：

1. 提前3-6个月召开股东会，讨论是否延长经营期限或解散；
   
2. 若延长，及时修改章程并办理变更登记；
   
3. 若解散，按流程清算并注销，避免遗留法律风险；
   
4. 保留所有会议决议、清算文件等证据，以备后续争议。
   

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