企业纪检部门一般没有权利直接查员工配偶的流水。以下从几个角度进行详细分析：

一、企业纪检部门的权限范围

企业纪检部门主要负责企业内部纪律检查和监督工作，其权限通常限于企业内部事务，包括员工的行为规范、工作纪律等。在未经法律授权或相关程序的情况下，企业纪检部门无权对员工及其家庭成员的私人财务信息进行调查或查询。

二、查询个人银行流水的法律程序

查询个人银行流水属于个人隐私范畴，受到法律保护。根据相关法律法规，如《中华人民共和国商业银行法》等，任何单位或个人要查询他人银行流水，必须依法获得授权或经过法定程序，如司法机关因调查案件需要，可以依法向银行申请查询相关人员的银行流水。企业纪检部门并不具备这样的法律授权和程序。

三、企业纪检部门可能采取的合法调查手段

如果企业纪检部门怀疑员工存在违规行为，且该行为可能与员工的财务状况有关，他们可以采取以下合法手段进行调查：

1. 内部调查：通过询问员工、查阅相关文件和记录等方式，收集证据和信息。
2. 要求员工配合：在符合法律法规的前提下，要求员工提供必要的财务信息或解释，但这一要求应当合理且不侵犯员工隐私。
3. 向相关部门报告：如果发现员工存在违法行为，企业纪检部门可以向司法机关报告，并由司法机关依法进行调查和处理。

四、员工权益保护

员工有权保护自己的隐私和个人财务信息不受非法侵犯。如果企业纪检部门未经授权或违反法定程序查询员工配偶的银行流水，员工可以依法维护自己的权益，包括向相关部门投诉、寻求法律援助等。

建议：如果您或您的配偶遇到企业纪检部门未经授权查询银行流水的情况，您可以首先与企业纪检部门沟通，明确表达您的异议和担忧。如果沟通无果，您可以向企业的上级管理部门或相关监管机构投诉，并考虑寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。