关于公司内部专用章是否有效的问题，这需要从多个角度来进行分析和解答。

首先，从印章的制发和管理规定来看，公司内部专用章在内部管理和使用上是具有特定效力的。根据国家行政机关和企业、事业单位印章的相关规定，专用章在名称、式样上应与正式印章有所区别，并需报上级领导机关批准后自行刻制。这意味着，公司内部专用章的刻制和使用是受到一定规范和管理的，它们在公司内部流程中，如文件审批、内部结算等，是发挥着重要作用的。

然而，当涉及到对外效力时，公司内部专用章的情况就相对复杂了。一般来说，公司公章是产生对外法律效力的主要印章，它代表着公司的正式意志和承诺。而公司内部专用章，如项目部公章、财务专用章等，通常并不直接对外使用，也不具备与公章同等的对外法律效力。

但在实际案例中，也存在公司内部专用章对外产生效力的情况。这主要取决于具体的使用场景和交易习惯。例如，在某些特定情况下，如施工现场没有公司公章，仅有项目部公章的情况下，为了完成货物的交付或结算，公司内部专用章可能会被视为具有对外效力。这种情况下，如果双方对此有明确的约定或交易习惯，且该约定或习惯不违反法律法规的强制性规定，那么公司内部专用章的对外使用是可以被认可的。

以您提供的案例为例，虽然被告公司以对账单中仅盖有公司内部公章为由进行抗辩，但法院在审理时认为，双方对账单中的签字人员及盖章等相互印证，足以证实被告公司内部公章在此次买卖合同中发挥着对外的法律效力。这是因为双方买卖的货物特殊性较强，且在实际交易过程中，公司内部公章已经成为了双方认可的结算依据。

综上所述，公司内部专用章在内部管理和使用上是有效的，但在对外效力上需要具体情况具体分析。如果公司内部专用章在特定情况下被用于对外交易或结算，并且得到了双方的认可或交易习惯的支持，那么它可能被视为具有对外效力。但为了避免不必要的法律纠纷和风险，建议公司在对外交易时尽量使用正式的公司公章，并明确约定印章的使用范围和效力。