农村自建房被莫名其妙注销，您当然可以起诉。这涉及到您的财产权益，法律会给予相应的保护。下面我将从多个角度为您详细分析这个问题：
一、注销行为的合法性审查
首先，我们需要审查注销农村自建房的行为是否合法。根据相关法律法规，农村自建房的注销通常需要基于一定的法定事由，如房屋倒塌、拆除、征收等，并且需要按照法定的程序进行。如果注销行为没有合法依据或者程序违法，那么该行为就是无效的，您有权对此提起诉讼。
二、起诉的法律依据
- 《中华人民共和国民法典》：该法规定了物权的保护原则，您的农村自建房作为您的财产，其物权受法律保护。如果注销行为侵犯了您的物权，您可以依据该法提起诉讼，要求恢复原状、赔偿损失等。
- 《中华人民共和国行政诉讼法》：如果注销行为是由行政机关作出的，且您认为该行为违法，您可以依据该法提起行政诉讼，要求撤销该注销行为，并可能获得相应的赔偿。
三、起诉前的准备
在提起诉讼前，您需要做好以下准备：
- 收集证据：收集与注销行为相关的所有证据，包括注销通知、房屋权属证明、相关照片或视频等。这些证据将有助于证明注销行为的违法性和您因此遭受的损失。
- 了解法律程序：了解起诉的法律程序，包括起诉状的撰写、提交、开庭审理等。如果您不熟悉这些程序，可以寻求专业律师的帮助。
- 确定被告：根据注销行为的作出主体，确定被告是行政机关还是其他个人或组织。这将有助于您正确地提起诉讼。
四、可能的法律后果
如果您提起诉讼并胜诉，可能会获得以下法律后果：
- 撤销注销行为：法院可能会判决撤销注销行为，恢复您的房屋权属。
- 赔偿损失：如果注销行为给您造成了损失，法院可能会判决被告赔偿您的损失，包括房屋价值损失、搬迁费用等。
五、建议与提醒
- 及时行动：如果您发现农村自建房被莫名其妙注销，应尽快采取行动，收集证据并咨询专业律师，以免错过诉讼时效。
- 保持冷静：在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语，以免加剧矛盾或影响诉讼结果。
综上所述，农村自建房被莫名其妙注销，您完全有权提起诉讼来维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。