面对侵占他人耕地耕种的问题，这是一个涉及法律权益的严肃事项，必须依法处理以维护受害者的合法权益。以下是一套详细且系统的处理建议：
一、优先尝试协商解决
首先，建议受害者与侵占者进行友好且直接的沟通。在沟通过程中，明确指出侵占行为的违法性，并要求对方立即停止侵占行为，恢复耕地原状。为了确保沟通的有效性，建议保留好所有沟通记录，如短信、聊天记录或通话录音等，这些可能在后续处理中作为重要证据。
二、寻求基层组织的调解帮助
村委会调解：如果协商无果，受害者可以向所在村的村民委员会提出调解申请。村委会作为基层群众性自治组织，对当地土地情况有深入了解，能够更有效地组织双方进行调解，促使问题得到和平解决。
乡镇政府调解：若村委会调解未能达成满意结果，受害者可以进一步向乡镇政府申请调解。乡镇政府有责任处理本行政区域内的土地纠纷，并会依据相关法律法规和实际情况，公正、合理地进行调解。
三、向自然资源主管部门举报
如果基层调解仍然无法解决问题，受害者应向当地自然资源主管部门（如国土部门）进行举报。举报时，需提供充分的证据材料，如土地承包合同、耕地照片、视频等，以证明自己对该耕地的合法权益及耕地被侵占的事实。自然资源主管部门接到举报后，将依法进行调查处理，并根据调查结果采取相应的法律措施，如责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑、恢复土地原状、罚款等。
四、考虑提起民事诉讼
如果行政途径未能有效解决问题，受害者有权向人民法院提起民事诉讼，要求侵占方承担民事责任。在诉讼过程中，受害者需提供充分的证据支持自己的主张，包括土地使用权证、承包合同、现场照片、损失证明等。法院将依法审理案件，若认定侵占方构成侵权，将判决其停止侵害、排除妨碍、返还耕地并赔偿损失。
五、追究刑事责任（如适用）
值得注意的是，如果侵占农民耕地的行为达到犯罪标准，将依法追究刑事责任。根据《刑法》相关规定，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成农用地大量毁坏的，将面临刑事处罚。自然资源主管部门在调查过程中若发现犯罪行为，将移送司法机关处理；受害者也可直接向司法机关报案并提供相关线索和证据。
总结与建议：
面对侵占他人耕地耕种的问题，受害者应首先尝试通过协商和基层组织的调解来解决纠纷。如果这些方法无效，务必收集充分的证据，并通过法律途径来维护自己的合法权益。在整个处理过程中，保持冷静、理性，并积极配合相关部门和律师的工作是至关重要的。同时，也呼吁社会各界共同关注农民权益保护问题，共同营造和谐稳定的土地环境。