合作社能否收取集体土地被占用费，需根据具体情况判断，核心在于合作社是否具备收取该费用的合法依据及程序合规性，具体分析如下：

1. 若合作社作为集体土地的管理主体，且收取行为符合法定程序及集体决议
   根据《土地管理法》及《民法典》相关规定，集体土地所有权归集体所有，集体经济组织（如合作社）可依法代表集体行使土地管理权。若集体土地被占用（如因建设、开发等），合作社经集体成员（村民）会议或村民代表会议民主决议，并报乡镇政府备案后，可代表集体收取土地占用补偿费用。此时收取行为具有合法性，但需确保：

   • 决议程序合法（如参会人数、表决比例符合《村民委员会组织法》要求）；
     
   • 费用标准合理（参考当地政府公布的征地补偿标准或市场价值）；
     
   • 资金用途透明（用于集体公共事业或成员分配，并定期公示）。

2. 若合作社未经集体授权或违反法定程序收取费用
   若合作社未通过民主决议程序，或以“管理费”“服务费”等名义变相收取费用，可能涉嫌违法。例如：

   • 无权收取：若土地占用行为已由政府依法征收并支付补偿，合作社再重复收取费用缺乏法律依据；
     
   • 程序瑕疵：即使集体同意收取，但未履行公示、备案等程序，可能引发成员争议或行政监管风险；
     
   • 用途违规：若将费用挪作他用（如私分、非集体支出），可能构成职务侵占或违反财经纪律。

3. 特殊情形：合作社与成员间的土地承包关系
   若合作社与成员签订土地承包合同，成员擅自转包或改变土地用途导致被第三方占用，合作社可根据合同约定向成员主张违约责任，但无权直接向第三方收取“占用费”（除非合同明确授权）。此时纠纷应通过民事诉讼解决，而非行政或集体决策程序。

建议：若合作社拟收取土地占用费，需严格履行民主决议程序，明确费用性质、标准及用途，并留存书面证据（如会议记录、公示照片等）。若遇争议，可依据《土地管理法》《村民委员会组织法》及合同约定主张权利。如有具体案例或合同条款需分析，可直接向我咨询。