结论：在行政执法违法占地案件中，即使当事人已经消除了违法事实，行政机关仍有可能立案，但具体是否立案需结合多种因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、立案的法律依据与原则
根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规，行政机关对违法行为有权进行立案调查，并依法作出行政处罚。立案的原则主要包括合法性原则、公正性原则、效率性原则等。其中，合法性原则要求行政机关在立案时必须有明确的法律依据，且符合法定程序；公正性原则要求行政机关在立案过程中应公平、公正地对待当事人；效率性原则则要求行政机关在立案后应及时进行调查处理，避免拖延。
二、违法事实消除对立案的影响
违法事实已消除，但曾存在违法行为：
- 如果当事人曾经存在违法占地行为，但现在已经消除了违法事实（如拆除了违法建筑、恢复了土地原状等），行政机关仍然可以基于曾经的违法行为进行立案调查。这是因为立案调查的目的不仅是为了处罚违法行为，更是为了查明事实真相，维护法律秩序。
- 在这种情况下，行政机关可能会考虑当事人的整改情况、违法行为的性质、情节以及社会影响等因素，综合判断是否需要给予行政处罚。如果当事人整改及时、态度诚恳，且违法行为未造成严重后果，行政机关可能会酌情减轻或免除处罚。
违法事实已消除，且无法证明曾存在违法行为：
- 如果当事人不仅消除了违法事实，而且无法证明曾经存在违法行为（如没有留下任何违法建设的痕迹、没有相关证据证明违法行为的存在等），那么行政机关在立案时可能会面临一定的困难。
- 在这种情况下，行政机关需要谨慎审查相关证据，确保立案的合法性和公正性。如果缺乏足够的证据支持立案，行政机关可能会选择不予立案或撤销案件。
三、立案后的处理方式
如果立案后发现违法事实已消除：
- 行政机关在立案后进行调查过程中，如果发现违法事实已经消除，且当事人没有其他违法行为，那么行政机关可能会根据具体情况作出不予处罚或撤销案件的决定。
- 如果行政机关认为当事人的违法行为虽然已消除，但仍然需要对其进行教育或警示，可能会采取其他行政措施，如口头警告、书面训诫等。
如果立案后发现存在其他违法行为：
- 如果行政机关在立案后调查过程中发现当事人除了已经消除的违法占地行为外，还存在其他违法行为，那么行政机关将依法对当事人的所有违法行为进行查处。
四、建议与注意事项
- 对于当事人：如果曾经存在违法占地行为，建议及时消除违法事实，并积极配合行政机关的调查工作。如果认为行政机关的立案决定存在不当之处，可以依法提出申诉或行政复议。
- 对于行政机关：在立案过程中应严格遵守法定程序和原则，确保立案的合法性和公正性。同时，应充分考虑当事人的整改情况和违法行为的性质、情节等因素，合理行使行政处罚权。
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