若贩卖的是正规渠道进购的真烟，且未取得烟草专卖零售许可证，违法所得1000元，一般会被责令停止经营烟草制品零售业务，没收违法所得，并处以罚款，罚款数额通常在违法经营总额20%以上50%以下。具体分析如下：
法律依据与处罚原则
根据《中华人民共和国烟草专卖法》第三十二条及《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》第五十七条，未取得烟草专卖零售许可证经营烟草制品零售业务的，由工商行政管理部门或者由工商行政管理部门根据烟草专卖行政主管部门的意见，责令停止经营烟草制品零售业务，没收违法所得，并处以违法经营总额20%以上50%以下的罚款。
此处罚原则的核心在于“无证经营”，即未依法取得烟草专卖零售许可证而从事烟草制品零售活动，无论销售的是真烟还是假烟（若为假烟则可能涉及其他罪名），均构成行政违法。
违法所得1000元的具体处罚计算
假设违法经营总额为X元（即销售烟草制品的总收入），违法所得为1000元（即销售收入减去成本后的利润）。根据法律规定，罚款基数为“违法经营总额”，而非“违法所得”。因此，罚款数额为X元的20%至50%。
例如，若违法经营总额为5000元，则罚款范围为1000元（5000×20%）至2500元（5000×50%），同时没收违法所得1000元。若违法经营总额难以确定，烟草专卖行政主管部门可能根据实际情况核定。
特殊情形：销售假烟的刑事责任
若贩卖的烟为假冒注册商标且伪劣的烟草制品，且违法所得数额较大（通常指销售金额5万元以上），则可能构成《中华人民共和国刑法》第一百四十条规定的“生产、销售伪劣产品罪”。但根据您提供的违法所得1000元，尚未达到刑事立案标准，仍属于行政违法范畴。不过，若存在多次销售、销售金额累计达到标准等情形，仍可能被追究刑事责任。
处罚程序的注意事项
烟草专卖行政主管部门或工商行政管理部门在查处时，会依法进行调查取证，包括询问当事人、查阅复制相关凭证、抽样取证等。当事人有权陈述申辩，对处罚决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
温馨提示：烟草制品属于国家专卖专营商品，从事相关经营活动必须依法取得烟草专卖零售许可证。若您或他人存在类似行为，建议立即停止并补办相关证件，避免法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。