结论前置：挪用公司资金超过三个月但已归还，是否构成挪用资金罪，需根据具体情况判断，若数额较大且超过三个月未还，即便已归还，仍可能构成挪用资金罪。以下是对此问题的详细分析：
一、挪用资金罪的构成要件
挪用资金罪的构成需满足以下几个要件：
- 主体要求：必须是公司、企业或其他单位的工作人员，包括但不限于财务人员、经理等。
- 行为表现：
- 利用职务上的便利，即利用自己主管、管理、经手本单位资金的权力或机会。
- 挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，具体包含三种情形：
- 超期未还型：数额较大且超过三个月未还。例如，员工甲挪用公司5万元用于个人消费，三个月后仍未归还，若达到当地“数额较大”标准，则可能构成犯罪。
- 营利活动型：虽未超过三个月，但数额较大且用于营利活动。如乙挪用公司10万元炒股，不论时间是否超三个月，只要数额达标即构成犯罪。
- 非法活动型：挪用资金用于非法活动，如赌博、走私等，对数额和时间无特定限制，只要实施即构成犯罪。
- 资金性质：挪用的必须是本单位的资金，而非个人资金或其他来源的资金。
二、已归还资金对构成犯罪的影响
一般情形：
- 如果挪用资金数额较大且超过三个月未还，即便事后归还了资金，也仍然可能构成挪用资金罪。因为挪用资金罪的构成要件中，并未规定归还资金可以免除刑事责任。归还资金可能作为量刑时的从轻或减轻情节考虑，但不影响犯罪的成立。
- 例如，公司会计张某挪用公司资金50万元用于炒股，一个月后归还。因其挪用资金数额较大且用于营利活动，这种行为已符合挪用资金罪的构成要件，因此构成挪用资金罪。尽管事后归还了资金，但不影响犯罪的成立。
特殊情形：
- 如果挪用资金的情节显著轻微且危害不大，比如挪用资金数额较小、挪用时间极短（如临时借用）、且未造成任何不良后果或实际损失，那么依据刑法总则中关于犯罪概念“但书”的规定，可能不认为是犯罪。但这种情况较为罕见，且需要严格把握“情节显著轻微且危害不大”的标准。
三、法律责任与量刑标准
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条的规定，挪用资金罪的量刑依据主要是挪用资金的数额和情节的严重程度。
- 一般而言，可处以三年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑；数额特别巨大的，处七年以上有期徒刑。
- 若在提起公诉前将挪用的资金退还，可以从轻或减轻处罚。但这一规定并不影响犯罪的成立，只是作为量刑时的考虑因素。
四、实际建议
- 对于公司工作人员：应严格遵守法律法规，不得擅自挪用公司资金。如果因特殊原因需要临时借用公司资金，应事先征得公司同意，并尽快归还。
- 对于公司：应建立健全的财务管理制度，加强对公司资金的监管和审计，防止员工挪用公司资金。一旦发现员工有挪用资金的行为，应及时采取措施予以制止，并依法追究其法律责任。
综上所述，挪用公司资金超过三个月但已归还，是否构成挪用资金罪需根据具体情况判断。如果数额较大且超过三个月未还，即便已归还，仍可能构成挪用资金罪。因此，建议公司工作人员严格遵守法律法规，不得擅自挪用公司资金。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。