国家公职人员担任农村代理书记，因工程使村集体损失20000元，是需要承担相应责任的。具体分析如下：

1. 法律责任分析：

   • 国家公职人员在担任农村代理书记期间，若因管理不善、决策失误或滥用职权等行为导致村集体经济损失，根据相关法律法规，是需要承担法律责任的。这种责任可能包括行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体取决于损失的性质、大小以及公职人员的行为是否构成违法或犯罪。

2. 行政责任：

   • 如果公职人员的行为违反了行政管理规定或职务要求，导致村集体经济损失，那么他们可能会受到行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。这些处分旨在惩罚公职人员的不当行为，并防止类似情况再次发生。

3. 民事责任：

   • 公职人员因其过错行为给村集体造成经济损失的，还可能承担民事赔偿责任。村集体可以通过法律途径要求公职人员赔偿损失，以维护自身的合法权益。

4. 刑事责任：

   • 如果公职人员的行为构成犯罪，如贪污、受贿、滥用职权等，那么他们还将面临刑事追究。在刑事诉讼中，公职人员可能被判处刑罚，如有期徒刑、拘役、罚金等，以惩罚其犯罪行为并保护社会公共利益。

5. 实际处理建议：

   • 对于村集体而言，一旦发现公职人员因工程导致经济损失，应及时向相关部门举报或投诉，并要求公职人员承担相应的法律责任。
   • 公职人员自身也应加强法律意识，严格遵守法律法规和职务要求，确保在履行职责过程中不损害村集体的合法权益。

综上所述，国家公职人员担任农村代理书记期间，因工程导致村集体经济损失是需要承担相应责任的。这种责任可能包括行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体取决于损失的性质、大小以及公职人员的行为是否构成违法或犯罪。如有需要，你可以直接向我咨询相关法律问题。