若第三人代为偿还债务后，申请人仍不撤回执行申请，可按以下步骤处理：

1. 确认第三人清偿的合法性与有效性
   首先需核实第三人是否已实际履行全部或部分债务，且该清偿行为符合法律规定（如经债权人同意、债务转移协议等）。若第三人已合法清偿，可要求其提供付款凭证、债务转移协议等证据，证明债务已消灭或部分消灭。

2. 向执行法院提出执行异议
   根据《民事诉讼法》第232条，第三人可向执行法院提出书面异议，主张债务已清偿，请求法院裁定中止或终结执行。法院将审查第三人提供的证据，若认定债务确已清偿，会裁定撤销原执行裁定；若证据不足，则驳回异议，第三人可进一步通过诉讼主张权利。

3. 申请执行回转（若已超额执行）
   若法院已执行第三人财产且超出债务范围，第三人可依据《民事诉讼法》第240条申请执行回转，要求返还多执行的财产。需提供执行裁定书、财产转移证明等材料，证明执行行为与债务实际不符。

4. 提起债权人撤销权之诉（若清偿行为损害其他债权人利益）
   若第三人清偿行为导致债务人财产减少，损害其他债权人利益（如无偿代偿、恶意串通等），其他债权人可依据《民法典》第538条提起撤销权之诉，请求撤销该清偿行为。但此路径需以“损害债权人利益”为前提，且诉讼周期较长。

5. 与申请人协商或通过调解解决
   在诉讼前，可尝试与申请人沟通，说明债务已清偿的事实，要求其主动撤回申请。若协商无果，可申请法院组织调解，或通过第三方调解机构促成和解，避免程序冗长。

关键提醒：

• 第三人需保留所有清偿证据（如转账记录、收据、债务转移协议等），以证明债务状态。
  
• 若清偿行为涉及债务转移，需确保债权人明确同意，否则可能引发争议。
  
• 执行程序具有强制性，建议优先通过法律途径解决，避免直接对抗执行行为。
  

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