招标代理机构在营业执照和法人证明缺失的情况下进行招标活动，主要违反了《中华人民共和国招标投标法》以及相关行政法规中关于招标代理机构资质和招标活动合法性的规定。以下从不同角度进行详细分析：
一、违反招标代理机构资质要求
法律依据：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第十三条：“招标代理机构是依法设立、从事招标代理业务并提供相关服务的社会中介组织。招标代理机构应当具备下列条件：……（三）有能够编制招标文件和组织评标的相应专业力量；（四）有符合本法第三十七条第三款规定条件、可以作为评标委员会成员人选的技术、经济等方面的专家库；（五）有依法可以从事招标代理业务的营业执照”。
- 同时，虽然直接的法律条文可能未明确提及“法人证明”，但营业执照作为法人资格的直接证明文件之一，其缺失实际上也反映了法人资格证明的不完整。在实务中，法人证明通常包括营业执照、法定代表人身份证明等文件，用于证明招标代理机构的合法存在及其法定代表人的身份。
法律后果：
- 招标代理机构若未取得合法的营业执照，即不具备从事招标代理业务的法定资质，其进行的招标活动可能被视为无效。
- 招标人若委托了不具备资质的招标代理机构进行招标，可能面临招标活动被撤销、重新招标等风险，并可能承担由此产生的额外费用和损失。
二、违反招标活动合法性要求
法律依据：
- 《中华人民共和国招标投标法》及相关行政法规对招标活动的合法性有严格要求，包括招标代理机构的资质、招标文件的编制、招标公告的发布、评标委员会的组成等各个环节。
- 营业执照和法人证明的缺失，直接影响了招标代理机构在招标活动中的合法性和公信力，可能损害招标人、投标人以及其他相关方的合法权益。
法律后果：
- 招标代理机构若因营业执照和法人证明缺失而导致招标活动违法，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令停业整顿等。
- 在严重情况下，招标代理机构还可能被吊销营业执照，丧失从事招标代理业务的资格。
- 若因招标活动违法给招标人、投标人或其他相关方造成损失的，招标代理机构还需承担相应的民事赔偿责任。
三、实务建议
招标代理机构：
- 应确保自身具备合法的营业执照和完整的法人证明文件，以符合从事招标代理业务的法定资质要求。
- 在进行招标活动前，应仔细审查自身资质和招标文件的合法性，确保招标活动的顺利进行。
招标人：
- 在选择招标代理机构时，应仔细审查其资质和信誉，确保委托的招标代理机构具备合法的营业执照和法人证明文件。
- 在招标过程中，应密切关注招标活动的合法性，及时发现问题并采取措施予以纠正。
投标人及其他相关方：
- 在参与招标活动时，应仔细审查招标代理机构的资质和招标文件的合法性，确保自身权益不受损害。
- 若发现招标代理机构存在违法行为或招标活动存在违法情形，应及时向相关部门举报或投诉。
综上所述，招标代理机构在营业执照和法人证明缺失的情况下进行招标活动，不仅违反了招标代理机构的资质要求，也违反了招标活动的合法性要求。因此，招标代理机构应确保自身具备合法的资质和完整的法人证明文件，以符合从事招标代理业务的法定要求。若您在招标代理或相关法律事务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。