自然资源部门作出撤销房产证决定的法律依据，主要来源于《中华人民共和国民法典》以及《不动产登记暂行条例》等相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。这表明，房产证的颁发是确认不动产物权的重要法律行为。
- 若房产证的颁发存在错误，如因登记错误、申请人提供虚假材料等原因，自然资源部门（作为不动产登记机构）有权依据相关法律法规进行更正或撤销。虽然《民法典》未直接规定撤销房产证的具体条款，但为撤销行为提供了法律基础，即不动产登记的准确性和合法性原则。
《不动产登记暂行条例》的明确规定：
- 根据《不动产登记暂行条例》第二十二条，登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：（一）违反法律、行政法规规定的；（二）存在尚未解决的权属争议的；（三）申请登记的不动产权利超过规定期限的；（四）法律、行政法规规定不予登记的其他情形。虽然此条主要规定的是不予登记的情形，但反向理解了，若已登记的房产存在上述问题，自然资源部门有权进行撤销。
- 更重要的是，《不动产登记暂行条例》第二十九条规定，不动产登记机构发现不动产登记簿记载的事项错误，应当通知当事人在30个工作日内办理更正登记。当事人逾期不办理的，不动产登记机构应当在公告15个工作日后，依法予以更正；但在错误登记之后已经办理了涉及不动产权利处分的登记、预告登记和查封登记的除外。这一条款直接赋予了自然资源部门在发现登记错误时，有权进行更正或撤销的权力。
其他相关法律法规：
- 除了上述两部主要法律外，还可能涉及《中华人民共和国城市房地产管理法》、《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，这些法律在特定情况下也可能成为自然资源部门撤销房产证的法律依据。例如，若房产证的颁发违反了城市规划、土地使用等强制性规定，自然资源部门在依据相关法律进行查处时，可能同时撤销错误的房产证。
法律建议与后果分析：
- 对于房产证被撤销的当事人而言，首先应当了解撤销的具体原因和法律依据。若认为撤销决定存在错误或不当，可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径进行维权。
- 自然资源部门在作出撤销决定时，应当严格遵循法定程序和条件，确保决定的合法性和合理性。否则，可能面临行政复议被撤销或行政诉讼败诉的风险。
总结来说，自然资源部门作出撤销房产证决定的法律依据主要来源于《中华人民共和国民法典》和《不动产登记暂行条例》等相关法律法规。在具体操作中，自然资源部门应当严格遵循法定程序和条件进行撤销决定。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。