协议的生效并不取决于是否一式两份，而是主要取决于是否满足法定的生效要件。以下是对这一问题的详细分析：
协议生效的法定要件
主体合格：订立协议的当事人应当具有相应的民事行为能力。这是协议生效的基础，确保双方具备签订和履行协议的能力。
意思表示真实：协议当事人的表意行为应当真实反映其内心的效果意思，不存在欺诈、胁迫、重大误解等可能影响意思表示真实性的情形。这是协议生效的关键，确保双方是在自愿、平等的基础上签订协议。
内容合法：协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。这是协议生效的必要条件，确保协议的内容合法合规，不损害国家、社会和第三人的利益。
形式合法（如适用）：对于法律、行政法规规定应当采用书面形式的协议，必须采用书面形式。虽然协议的份数并非法律强制规定，但采用书面形式有助于明确双方的权利义务，减少纠纷的发生。
一式两份各执一份的作用与意义
尽管协议的生效不依赖于是否一式两份，但一式两份各执一份的做法在实际操作中具有重要意义：
证据保存：双方各自持有一份协议文本，可以作为履行协议和解决争议的依据。在发生纠纷时，可以迅速提供证据，证明双方的权利义务关系和违约方的违约事实。
便于履行：各自持有协议文本有助于双方随时查阅协议条款，确保按照约定履行义务，减少因对协议条款理解不一致而产生的争议。
风险防控：一式两份各执一份有助于降低因协议内容不明确、遗失或篡改等引发的风险，增强协议的稳定性和可靠性。
实际操作中的建议
根据实际情况确定协议份数：协议的份数并非固定不变，而是应根据实际需求、交易情况、参与主体以及相关法律法规的要求来灵活确定。例如，在房地产交易等复杂交易中，可能需要一式多份协议，分别由买卖双方、银行、税务部门等留存。
确保协议内容完整、准确：无论协议份数多少，都应确保协议内容完整、准确，明确双方的权利义务和违约责任。这有助于减少纠纷的发生，保障交易的顺利进行。
妥善保管协议文本：双方应妥善保管各自持有的协议文本，避免遗失或损坏。在发生纠纷时，协议文本是证明双方权利义务关系的重要证据。
总结来说，协议的生效并不取决于是否一式两份，而是主要取决于是否满足法定的生效要件。然而，从实际操作和风险防控的角度来看，一式两份各执一份的做法仍然值得推荐。如果你有任何关于协议签订、履行或纠纷解决方面的法律问题，可以直接向我咨询。