企业对腐败问题自主调查权的法律依据主要来源于法律法规的授权以及企业内部规章制度的设定，以下从这两个方面进行详细阐述：
一、法律法规的授权
《中华人民共和国公司法》的相关规定：
- 虽然《公司法》并未直接明确规定企业具有对腐败问题的自主调查权，但公司作为法人实体，享有自主经营管理的权利。在内部管理过程中，为了维护公司的正常运营秩序和合法权益，公司有权对内部可能存在的腐败行为进行调查。这种调查权可以视为公司自主经营管理权的一种延伸。
- 此外，《公司法》中关于公司董事、监事、高级管理人员的忠实和勤勉义务的规定，也间接支持了公司对腐败行为的调查权。如果公司发现董事、监事或高级管理人员存在违反忠实和勤勉义务的行为，包括腐败行为，公司有权进行调查并采取相应的法律措施。
《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位有权对员工的行为进行管理，包括制定规章制度、进行纪律处分等。如果员工存在腐败行为，违反了公司的规章制度或劳动合同的约定，公司有权进行调查，并根据调查结果采取相应的纪律处分措施，如警告、罚款、解除劳动合同等。
其他相关法律法规：
- 除了《公司法》和《劳动法》外，还有其他一些法律法规也间接支持了企业的自主调查权。例如，《中华人民共和国刑法》中关于贪污贿赂犯罪的规定，虽然主要是针对国家工作人员的，但企业也可以参考这些规定来制定自己的反腐败政策和调查程序。此外，《中华人民共和国反不正当竞争法》等法律法规也涉及到了商业贿赂等腐败行为的禁止和处罚，为企业自主调查腐败问题提供了法律支持。
二、企业内部规章制度的设定
企业章程与规章制度：
- 企业章程是企业内部的基本法律文件，它规定了企业的组织结构、管理方式、权利义务等基本内容。企业可以在章程中明确规定对腐败行为的调查程序、调查机构、调查权限等，从而赋予企业自主调查腐败问题的权利。
- 除了企业章程外，企业还可以制定一系列规章制度来具体规范对腐败行为的调查和处理。这些规章制度可以包括反腐败政策、举报机制、调查程序、处罚措施等，为企业自主调查腐败问题提供详细的操作指南。
劳动合同与员工手册：
- 在劳动合同中，企业可以与员工约定员工应遵守的规章制度和职业道德规范，包括禁止腐败行为的规定。如果员工违反这些规定，企业有权进行调查并采取相应的法律措施。
- 员工手册是企业向员工传达企业文化、规章制度、职业道德规范等重要信息的重要工具。企业可以在员工手册中明确规定对腐败行为的调查程序和处罚措施，让员工了解并遵守企业的反腐败政策。
在行使自主调查权时，企业需要注意以下几点：
- 合法合规：企业的调查行为必须符合法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。例如，在调查过程中，企业不得采取非法搜查、扣押、拘禁等手段。
- 公正公平：企业的调查程序应当公正公平，确保调查结果的客观性和准确性。企业可以设立专门的调查机构或委托第三方机构进行调查，以避免利益冲突和偏见。
- 保护隐私：在调查过程中，企业应当注意保护员工的隐私权和个人信息。除非必要且合法，否则不得泄露员工的个人信息和调查结果。
企业在面对腐败问题时，可以依据法律法规的授权和企业内部规章制度的设定来行使自主调查权。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。