燃气公司收取违约金是否合法，需根据具体情况判断，主要看合同约定及是否符合法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：如果燃气公司与用户在签订的合同中明确约定了违约金的收取条件、计算方式及金额，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么燃气公司按照合同约定收取违约金是合法的。例如，合同中约定用户逾期支付燃气费需支付一定比例的违约金，用户逾期未支付，燃气公司据此收取违约金，这是合法的。
合同中无明确约定：如果合同中没有明确约定违约金的收取，或者约定不明确，那么燃气公司单方面收取违约金可能缺乏合同依据，此时其合法性就存在疑问。在这种情况下，燃气公司可能需要通过其他法律途径来主张其权益，如要求用户赔偿实际损失等。
二、法律规定角度
违约金数额的合理性：即使合同中有约定违约金，但如果约定的违约金数额过高或过低，也可能影响其合法性。根据《民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少；约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。因此，燃气公司收取的违约金数额应当合理，不得过分高于或低于其实际损失。
违约行为的性质：违约金的收取还应当与违约行为的性质相适应。如果用户的违约行为并未给燃气公司造成实际损失，或者损失较小，而燃气公司却收取了高额的违约金，那么这种收取行为可能缺乏合理性，甚至可能构成不公平交易或滥用市场支配地位等违法行为。
三、实际操作建议
审查合同条款：对于用户而言，在签订燃气合同时，应当仔细审查合同条款，特别是关于违约金的约定。如果认为合同中的违约金条款不合理或存在疑问，可以与燃气公司进行协商修改或寻求法律帮助。
保留相关证据：如果用户认为燃气公司收取的违约金不合理或存在违法行为，应当保留好相关证据，如合同、缴费凭证、违约金收取通知等，以便在需要时进行维权。
寻求法律途径解决：如果用户与燃气公司就违约金的收取问题无法达成一致意见，可以通过法律途径解决纠纷。可以向当地消费者协会投诉、向市场监管部门举报或向人民法院提起诉讼等。
总结来说，燃气公司收取违约金是否合法需根据合同约定及法律规定综合判断。用户在与燃气公司签订合同时应当仔细审查合同条款，并在遇到问题时保留好相关证据并寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。