分居的夫妻可以签订协议约定双方的债务自担，但该协议仅在夫妻双方之间有效，不能对抗善意第三人。以下是对这一问题的详细分析：
法律背景
夫妻债务的一般原则：
- 根据《民法典》的相关规定，夫妻共同债务通常是在婚姻关系存续期间，为家庭共同生活或共同经营所负的债务。这类债务原则上由夫妻双方共同承担。
夫妻债务的特别约定：
- 夫妻双方可以在婚姻关系存续期间，通过书面协议的方式，对债务的承担进行特别约定。这种约定是夫妻双方内部对债务分配的一种安排，对夫妻双方具有法律约束力。
债务自担协议的效力
内部效力：
- 分居的夫妻签订的债务自担协议，在夫妻双方之间是有效的。这意味着，如果一方按照协议承担了债务，另一方则无需再对该债务承担责任。
外部效力：
- 然而，这种协议不能对抗善意第三人。如果债权人不知道夫妻之间的这种约定，或者虽然知道但不同意这种约定，那么债权人仍然有权要求夫妻双方共同承担债务。这是因为，夫妻债务的外部关系涉及到债权人的利益，不能仅凭夫妻之间的内部约定来改变。
实际操作中的注意事项
书面协议：
- 为了确保协议的效力，夫妻双方应该签订书面协议，并明确约定债务的承担方式、范围等具体内容。
告知债权人：
- 如果可能的话，夫妻双方应该将债务自担的协议告知债权人，并取得债权人的同意。这样可以在一定程度上减少后续纠纷的发生。
保留证据：
- 夫妻双方应该保留好与债务自担协议相关的证据，如书面协议、聊天记录、转账记录等。这些证据在后续纠纷解决中可能会起到关键作用。
可能的法律后果
如果协议有效且得到债权人认可：
- 那么夫妻双方可以按照协议约定各自承担债务，无需对另一方的债务承担责任。
如果协议无效或未得到债权人认可：
- 那么债权人仍然有权要求夫妻双方共同承担债务。在这种情况下，如果一方已经按照协议承担了债务，但另一方未承担，那么承担债务的一方有权向另一方追偿。
律师建议：分居的夫妻在签订债务自担协议时，应该充分考虑协议的内部效力和外部效力，并尽可能取得债权人的同意。同时，保留好相关证据以备不时之需。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。