《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条与第一百六十三条的主要区别在于适用阶段、内容侧重点及法律后果的不同。以下是对这两条法律规定的详细对比分析：

一、适用阶段

1. 第十六条：该条款适用于整个刑事诉讼过程，包括侦查、审查起诉、审判等各个阶段。它规定了依法不追究刑事责任的情形，是刑事诉讼中的基本原则之一。
2. 第一百六十三条：该条款则专门适用于侦查阶段。它明确了在侦查过程中，如果发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当如何处理。

二、内容侧重点

1. 第十六条：该条款列举了六种不追究刑事责任的情形，包括情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；以及其他法律规定免予追究刑事责任的。这些情形涵盖了刑事诉讼中可能遇到的各种不追责情况。
2. 第一百六十三条：该条款则侧重于侦查阶段的具体处理程序。它规定，在侦查过程中，如果发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；如果犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，并发给释放证明，同时通知原批准逮捕的人民检察院。这一条款强调了侦查机关在发现不应追责情形时的及时纠错机制。

三、法律后果

1. 第十六条：该条款规定的法律后果是，对于符合不追究刑事责任情形的案件，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。这些后果体现了刑事诉讼中的公正性和人权保障原则。
2. 第一百六十三条：该条款规定的法律后果是，侦查机关应当撤销案件，并释放被逮捕的犯罪嫌疑人。这一后果直接针对侦查阶段的具体行为，确保了侦查活动的合法性和正当性。

四、实际应用中的注意事项

• 侦查阶段的及时纠错：第一百六十三条强调了侦查机关在发现不应追责情形时的及时纠错机制，这有助于防止无辜者受到不当羁押，保护公民的合法权益。
• 与其他诉讼阶段的衔接：虽然第十六条适用于整个刑事诉讼过程，但在侦查阶段发现不应追责情形时，仍需依据第一百六十三条的具体规定进行处理。同时，在审查起诉或审判阶段发现不应追责情形的，则应分别依据《刑事诉讼法》的相关规定（如第一百七十七条不起诉决定或第二百零八条终止审理）进行处理。
• 被害人救济途径：如果被害人认为撤销案件错误的，可以申请复议复核或通过自诉程序维护权益。这体现了刑事诉讼中的平衡打击犯罪与保障人权的关系。

总结来说，《刑事诉讼法》第十六条与第一百六十三条在适用阶段、内容侧重点及法律后果等方面存在显著差异。第十六条是刑事诉讼中的基本原则，规定了不追究刑事责任的情形；而第一百六十三条则专门针对侦查阶段的具体处理程序进行了规定。在实际应用中，需根据案件所处的诉讼阶段和具体情况，准确适用这两条法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。