电动车擅自加装车棚后发生交通事故，意外险是否赔偿需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、保险赔偿的基本原则
保险合同约定：意外险的赔偿范围通常由保险合同明确约定。因此，首先需要查阅保险合同，了解其中关于赔偿范围、免责条款等具体内容。如果合同中明确排除了因加装车棚等改装行为导致的交通事故赔偿，那么保险公司可能不会承担赔偿责任。
近因原则：在保险理赔中，近因原则是一个重要原则。它指的是在风险与损失之间，导致损失的最直接、最有效、起决定性作用的原因。如果加装车棚与交通事故的发生存在直接的因果关系，且该原因属于保险合同中的免责范围，那么保险公司可能不会赔偿。反之，如果加装车棚并非导致事故的直接原因，或者保险合同中未明确排除此类情况，那么保险公司可能会根据合同约定进行赔偿。
二、加装车棚对事故责任的影响
改变车辆结构：加装车棚会改变电动车的原有结构，可能影响其稳定性和安全性。如果这种改变增加了事故发生的风险，且该风险与事故的发生存在直接关联，那么加装车棚的行为可能会被视为过错行为，从而影响事故责任的划分。
违反交通法规：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，电动车的加装、改装等行为需符合相关标准，不得擅自改变车辆结构或性能。如果加装车棚违反了这些规定，那么加装者可能会因此承担一定的法律责任，这也可能影响保险公司的赔偿决定。
三、具体赔偿情况分析
如果加装车棚与事故无直接关联：且保险合同中未明确排除此类情况，那么保险公司可能会根据合同约定对事故造成的损失进行赔偿。但需要注意的是，即使保险公司同意赔偿，也可能需要加装者承担一定的责任比例，具体取决于事故责任的划分。
如果加装车棚与事故有直接关联：且保险合同中明确排除了此类情况的赔偿，或者加装行为违反了交通法规导致加装者承担主要或全部责任，那么保险公司可能会拒绝赔偿。在这种情况下，加装者可能需要自行承担事故造成的全部损失。
四、建议与注意事项
查阅保险合同：在发生事故后，首先应查阅保险合同，了解其中关于赔偿范围、免责条款等具体内容。这有助于判断保险公司是否会承担赔偿责任。
保留相关证据：在处理事故过程中，应保留好相关证据，如事故现场照片、交警出具的事故认定书、医疗费用发票等。这些证据将有助于证明事故的发生经过和损失情况，为后续的理赔工作提供有力支持。
咨询专业律师：如果对于保险赔偿问题存在疑问或争议，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，维护您的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。