在三人违规办理火化证并收取好处费的案件中，判刑时通常是按个人所得来计算，但具体还需结合案件实际情况和法律规定进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、按个人所得计算的情况
共同犯罪中的个人责任：
- 在共同犯罪中，每个犯罪人通常需要对自己所参与的犯罪行为及其所获得的非法利益承担责任。如果三人分别独立地违规办理火化证并收取好处费，那么每个人应当对自己所收取的好处费金额负责。
- 例如，如果A收取了1万元，B收取了2万元，C收取了3万元，那么在判刑时，法院可能会根据每个人实际收取的金额来量刑。
犯罪情节的考量：
- 法院在量刑时，除了考虑非法所得的金额外，还会考虑犯罪情节的严重程度。这包括犯罪的动机、手段、后果以及犯罪人的主观恶性等因素。
- 如果某人在违规办理火化证的过程中，采取了更为恶劣的手段或者造成了更严重的后果，那么即使其收取的好处费金额不是最高的，也可能面临更重的刑罚。
二、可能涉及按总额计算的情况及例外
共同犯罪中的总额责任（特殊情形）：
- 在某些特殊情况下，如果三人构成共同犯罪，且存在共同故意和共同行为，法院可能会考虑将三人收取的好处费总额作为量刑的依据之一。但这通常需要满足一定的条件，如三人之间存在明确的分工合作、共同分享非法利益等。
- 然而，即便在这种情况下，法院也会根据每个人在共同犯罪中的地位和作用来分配责任，而不是简单地平均分配或按人头计算。
法律规定的特殊情形：
- 如果相关法律法规或司法解释明确规定了在此类案件中应按总额计算刑罚，那么法院将遵循这些规定进行量刑。但目前，就我所知，并没有明确的法律法规或司法解释规定违规办理火化证并收取好处费的案件必须按总额计算刑罚。
三、法律建议
如实供述犯罪事实：
- 对于涉及此类案件的犯罪嫌疑人或被告人来说，如实供述自己的犯罪事实是争取从轻或减轻处罚的重要途径。通过如实供述，可以表明自己的认罪态度和悔罪表现，从而有可能获得法院的宽大处理。
积极退赃退赔：
- 积极退赃退赔也是争取从轻或减轻处罚的重要因素之一。通过退还非法所得和赔偿损失，可以表明自己的悔罪态度和改正错误的决心，从而有可能获得法院的谅解和从宽处理。
寻求专业法律帮助：
- 由于此类案件涉及复杂的法律问题和量刑情节，因此建议犯罪嫌疑人或被告人及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据案件的具体情况和法律规定，为犯罪嫌疑人或被告人提供有针对性的法律建议和辩护策略，从而最大限度地维护其合法权益。
综上所述，在三人违规办理火化证并收取好处费的案件中，判刑时通常是按个人所得来计算。但具体还需结合案件实际情况和法律规定进行综合判断。如果您或您身边的人涉及此类案件，建议及时向我咨询，以便获得更具体的法律建议和帮助。