结论：村会计儿子在村两委任职时，其本人能否承包村里工程需分情况讨论，一般情况下不能直接承包，但特定条件下可能存在例外。以下是具体分析：

1. 直接关联性禁止原则
   根据《村民委员会组织法》第三十条及《农村基层干部廉洁履行职责若干规定（试行）》第五条，村两委成员及其近亲属（包括配偶、父母、子女、兄弟姐妹等）不得直接承包本村集体经济项目。若村会计本人属于村两委成员，其儿子作为直系亲属，原则上不得直接以个人名义承包村里工程，否则可能涉嫌利益输送或违反廉洁纪律。

2. 例外情形：公开招标与利益回避
   若工程承包通过公开招标、竞争性谈判等法定程序进行，且村会计儿子以独立市场主体（如注册公司）参与竞标，同时满足以下条件，可能被允许：

   • 村两委在招标过程中严格履行利益回避程序（如村会计不参与招标决策、评标环节）；
     
   • 招标过程公开透明，无围标、串标等违法行为；
     
   • 承包方资质、报价等符合法定要求，且最终中标结果经村民会议或村民代表会议三分之二以上成员同意。
     但需注意，即使满足程序要求，仍可能因“近亲属关系”引发村民质疑，建议提前向乡镇政府或纪检监察部门报备。

3. 法律风险与责任
   若违反上述规定直接承包工程，可能面临以下后果：

   • 合同无效：根据《民法典》第一百五十四条，违背公序良俗的民事法律行为无效，村集体可主张解除合同并要求赔偿损失；
     
   • 纪律处分：村会计及其儿子可能被追究党纪责任（如警告、撤职）或政务处分；
     
   • 刑事风险：若存在贪污、受贿等行为，可能触犯《刑法》第三百八十二条、第三百八十五条，构成贪污罪或受贿罪。

建议：若您或家人涉及此类情形，务必先核查村两委成员名单、招标程序合法性，并咨询专业律师评估风险。如有具体案件细节，可直接向我提问，我将结合证据材料提供进一步分析。