结论：甲方车位合同被乙方拿走，是否影响办理产权证，需根据具体情况判断，但通常情况下，合同原件的缺失可能给办理产权证带来一定困难，不过并非绝对无法办理。以下从不同角度进行分析：
一、合同原件在办理产权证中的作用
在办理房屋产权证（包括车位产权证）的过程中，合同原件是证明甲方与开发商（或原产权人）之间交易关系的重要法律文件。它不仅是双方交易意愿的真实表示，也是办理产权过户、缴纳税费等后续手续的基础依据。因此，合同原件的缺失，理论上可能会给办理产权证带来一定的困难。
二、合同原件缺失的可能影响及应对措施
影响办理流程：
- 若乙方拿走合同后拒绝归还，甲方在办理产权证时可能因无法提供合同原件而面临流程上的阻碍。此时，甲方需积极与乙方沟通，尝试通过协商、调解等方式取回合同原件。
提供替代证据：
- 若无法取回合同原件，甲方可尝试提供其他证据来证明交易关系的存在和合法性。例如，可以提供合同复印件（需确保复印件的真实性和完整性，并尽可能由双方签字确认）、付款凭证、交易记录、沟通记录等。这些证据在一定程度上可以替代合同原件，作为办理产权证的依据。
法律途径解决：
- 若乙方恶意拿走合同并拒绝归还，且甲方无法通过其他方式证明交易关系，甲方可以考虑通过法律途径解决。例如，可以向法院提起诉讼，要求乙方归还合同原件或确认交易关系的存在。在诉讼过程中，甲方需提供充分的证据来支持自己的主张。
三、特殊情况下的处理
- 合同已备案或登记：若车位合同已在相关部门备案或登记，甲方在办理产权证时可能无需提供合同原件。因为备案或登记的信息已经作为交易关系的官方记录，具有法律效力。此时，甲方只需提供备案或登记的证明文件即可。
- 开发商或相关部门协助：在某些情况下，开发商或相关部门可能愿意协助甲方办理产权证，即使合同原件缺失。这通常取决于开发商或相关部门的政策和态度。甲方可以尝试与开发商或相关部门沟通，寻求他们的帮助和支持。
四、法律建议
- 尽快取回合同原件：甲方应尽快与乙方沟通，尝试取回被拿走的合同原件。这是最直接、最有效的解决方式。
- 保留相关证据：在无法取回合同原件的情况下，甲方应保留好所有与交易相关的证据，以备不时之需。
- 咨询专业律师：若甲方在处理此事过程中遇到法律难题或不确定如何操作，建议咨询专业律师（如我）的意见。我可以根据具体情况为甲方提供针对性的法律建议和帮助。
总结来说，虽然甲方车位合同被乙方拿走可能给办理产权证带来一定困难，但并非绝对无法办理。甲方应根据具体情况采取相应的应对措施，并尽快咨询专业律师的意见以确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。