针对您提出的“公司犯组织偷越国境罪，员工如何处理”的问题，这确实是一个涉及法律责任的复杂问题。以下是我根据相关法律条款和司法实践，为您提供的详细解答：

一、公司犯罪与员工责任的基本原则

首先，需要明确的是，公司作为一个法律实体，其犯罪行为与员工个人责任是分开的。公司犯罪并不意味着所有员工都会承担法律责任。员工是否会被追究责任，主要取决于其在犯罪中所起的作用、参与程度以及是否知情等因素。

二、组织偷越国境罪的基本处罚

根据《中华人民共和国刑法》第三百一十八条，组织他人偷越国（边）境的，一般处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。若存在加重情节，如组织他人偷越国（边）境集团的首要分子、多次组织或人数众多、造成被组织人重伤或死亡等，将面临更严厉的刑罚，即处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。

三、员工可能承担的责任

1. 从犯责任：

   • 如果员工在组织偷越国境的犯罪中起次要或辅助作用，如传递信息、协助安排行程等，且未造成严重后果，那么该员工可能被认定为从犯。
   • 根据《刑法》第二十七条，对于从犯，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。具体量刑会综合考虑员工在犯罪中的具体作用、参与程度以及悔罪表现等因素。

2. 不知情或未参与：

   • 如果员工对公司的犯罪行为完全不知情，或者虽然知情但并未参与任何犯罪活动，那么该员工通常不会承担法律责任。
   • 在这种情况下，员工应积极配合调查，提供相关证据证明自己的清白。

3. 主犯责任：

   • 如果员工在犯罪中起主要作用，如策划、组织、指挥等，且情节严重，那么该员工可能被认定为主犯，并承担相应的法律责任。
   • 主犯的量刑通常会比从犯更重，具体取决于犯罪情节的严重程度。

四、建议与措施

1. 积极配合调查：

   • 如果员工被卷入公司的犯罪行为中，应积极配合相关部门的调查，如实陈述事实，提供相关证据。

2. 寻求法律援助：

   • 员工可以寻求专业律师的帮助，了解自己的法律权益和责任，以及可能的法律后果。

3. 加强法律意识：

   • 公司应加强员工的法律培训，提高员工的法律意识，避免类似犯罪行为的发生。

4. 内部合规管理：

   • 公司应建立健全的内部合规管理制度，确保公司的经营活动符合法律法规的要求，减少法律风险。

综上所述，公司犯组织偷越国境罪时，员工是否承担责任取决于其在犯罪中所起的作用、参与程度以及是否知情等因素。员工应积极配合调查，寻求法律援助，并加强法律意识，以维护自己的合法权益。同时，公司也应加强内部合规管理，避免类似犯罪行为的发生。