中标后两年才签合同且变更施工内容，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若中标通知书发出后，双方未及时签订书面合同，但已实际履行主要义务且对方接受的：

   • 根据《民法典》第四百九十条：“法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。”在此情况下，尽管合同签订时间滞后，但合同关系已实际成立。然而，施工内容的变更需双方协商一致，并明确约定在后续签订的书面合同中或通过补充协议确认。若未经协商一致擅自变更施工内容，则可能构成违约，需承担相应法律责任。

2. 若中标通知书发出后，双方长时间未签订合同，且未实际履行合同义务：

   • 在此情况下，合同关系尚未正式成立。若双方后续签订合同并变更了施工内容，该变更需符合法律法规的规定，如经过招标投标程序的重新确认（若原招标文件有明确要求）或双方协商一致并签订书面变更协议。若未经合法程序擅自变更施工内容，可能面临合同无效或被撤销的风险，同时需承担因违约或侵权产生的法律责任。

3. 关于施工内容变更的合法性审查：

   • 程序合法性：施工内容的变更需遵循相关法律法规和招标文件的规定。若原招标文件明确规定了施工内容变更的程序和要求，双方需严格按照该程序进行变更。
   • 实质合法性：变更后的施工内容需符合法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。同时，变更后的施工内容需与原招标项目的性质、规模、标准等保持一致或符合合理调整的范围。

法律建议：

• 对于中标后长时间未签订合同且变更施工内容的情况，建议双方尽快签订书面合同或补充协议，明确约定变更后的施工内容、工期、价款等关键条款，以避免后续纠纷。
• 若双方在变更施工内容上存在分歧或争议，建议通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径解决，以维护自身合法权益。

可能面临的法律后果：

• 若未经合法程序擅自变更施工内容，可能面临合同无效或被撤销的风险，同时需承担因违约或侵权产生的法律责任，如赔偿损失、支付违约金等。
• 若变更后的施工内容不符合法律法规的强制性规定或损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益，可能面临行政处罚或刑事责任。

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