土地承包经营权设立时能否对抗善意第三人，需根据具体的承包方式及是否依法登记来综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、家庭承包方式下的对抗性

1. 设立与登记：以家庭承包方式设立的土地承包经营权，自土地承包经营权合同生效时即设立，不以登记为生效要件。这意味着，在家庭承包方式下，土地承包经营权的设立与登记是分离的，合同生效即意味着权利的设立。
2. 对抗性：由于家庭承包方式具有很强的社会保障和福利性质，法律赋予其较强的物权效力。因此，即使未进行登记，该土地承包经营权也能对抗善意第三人。这是为了保护农民的基本生活权益，确保其在土地上的稳定经营。

二、其他方式承包下的对抗性

1. 设立与登记：以招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地的，需经依法登记取得权属证书后，方可依法流转土地经营权。这表明，在其他方式承包下，登记是取得权属证书和流转土地经营权的前提条件。
2. 对抗性：通过此种方式取得的土地承包经营权，若未经登记，则不得对抗善意第三人。即当善意第三人对该土地主张权利时，未登记的土地承包经营权人可能无法维护自己的权益。这是因为，登记是公示权利状态的重要方式，未经登记的权利难以得到法律的充分保护。

三、土地经营权流转时的对抗性

1. 流转与登记：对于流转期限为五年以上的土地经营权，自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记。这表明，在土地经营权流转过程中，登记同样具有重要意义。
2. 对抗性：若未经登记，该流转的土地经营权同样不得对抗善意第三人。例如，若甲将土地经营权流转给乙但未登记，后又将该土地经营权流转给不知情的丙并登记，此时丙作为善意第三人，其取得的土地经营权可以对抗乙。这是因为，登记能够确保善意第三人的合理信赖利益得到保护，维护土地交易的安全和稳定。

四、特殊情况下的对抗性

在某些特殊情况下，如发包方在承包期内将承包地另行发包给第三方，而原承包方能提供充分证据证明自己的权利，并通过法律途径提起诉讼，法院可能会确认新承包合同无效，并要求返还承包地。在这种情况下，原承包方的土地承包经营权可以对抗善意的第三方。但这种情况较为特殊，需要满足一定的条件才能成立。

五、法律建议

1. 及时登记：为了确保自身权益得到有效保护，无论是家庭承包方式还是其他方式承包的土地承包经营权，以及流转的土地经营权，都应及时进行登记。登记是公示权利状态的重要方式，能够增强权利的对抗力。
2. 了解法律：在涉及土地承包经营权的问题时，应充分了解相关法律法规和政策规定，确保自己的行为合法合规。同时，在签订合同时应明确约定双方的权利和义务，避免产生纠纷。
3. 咨询专业律师：若遇到复杂的土地承包经营权问题或纠纷，建议直接向我咨询。我可以根据具体情况提供针对性的法律意见和指导，帮助当事人维护自己的合法权益。

综上所述，土地承包经营权设立时能否对抗善意第三人并非一概而论，而是需要根据具体的承包方式、流转情况以及是否存在特殊情况来综合判断。在实际操作中，建议及时登记并了解相关法律法规和政策规定，以确保自身权益得到有效保护。