不能仅凭盖章来确认两个公司之间的关系。以下是详细分析：

一. 公司法人独立性原则

1. 法人独立性：根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。这意味着每个公司都是独立的法律实体，其行为和财产独立于其股东、法定代表人或其他关联方。
2. 不能仅凭盖章确认关系：两个公司即使由同一法人代表或控制，也不能仅凭盖章来确认它们之间的法律关系。盖章只是公司行为的一种表现形式，但并不能直接证明两个公司之间的实际关系，如控股、母子关系等。

二. 公司关系确认的正式途径

1. 查阅公司登记资料：要确认两个公司之间的关系，最准确的方式是查阅它们的公司登记资料，如股东名单、股权结构、公司章程等。这些资料通常可以在公司登记机关（如工商行政管理局）或相关政府部门查询。
2. 合同或协议：如果两个公司之间有明确的合同或协议，如合作协议、投资协议等，这些文件也可以作为确认它们之间关系的依据。

三. 实际案例说明

• 例如，A公司是某法人的独资企业，B公司也是该法人参与投资的企业。即使A公司和B公司的文件上都盖有该法人的印章，也不能直接认定A公司和B公司之间存在直接的控股或母子关系。需要查阅A公司和B公司的股权结构、公司章程等正式文件来确认它们之间的实际关系。

我建议：在确认两个公司之间的关系时，应综合考虑多种因素，包括公司登记资料、合同或协议等正式文件。如有进一步需要，您可以继续咨询我。