公司向自然人借款协议起诉地点通常由协议约定，费用一般由败诉方承担。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一. 起诉地点的确定

1. 协议管辖优先：根据《民事诉讼法》第三十四条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。因此，在公司向自然人借款的协议中，如果双方有约定起诉地点，应优先按照协议中的约定确定起诉地点。

2. 法定管辖：如果没有协议管辖或者协议管辖无效，那么根据《民事诉讼法》第二十三条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。在这种情况下，起诉地点可以是被告（自然人）的住所地或者借款合同的履行地。

• 例如，如果借款协议中明确约定了“如发生争议，由甲方（公司）所在地人民法院管辖”，那么起诉地点就是公司所在地。如果没有这样的约定，就需要根据被告住所地或者合同履行地来确定起诉地点。

二. 诉讼费用承担

1. 败诉方承担原则：根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条，诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。因此，在公司向自然人借款协议的诉讼中，诉讼费用一般由败诉方承担。

2. 特殊情况：如果双方有特别约定，比如借款协议中明确规定了诉讼费用的承担方式，那么就应该按照协议中的约定来执行。但如果没有特别约定，就遵循败诉方承担的原则。

• 例如，如果借款协议中约定“如发生诉讼，诉讼费用由违约方承担”，那么在实际诉讼中，诉讼费用就会由违约方（败诉方）来承担。如果没有这样的约定，就由法院根据判决结果来决定诉讼费用的承担方。

综上所述，公司向自然人借款协议的起诉地点通常由协议约定，如果没有约定或者约定无效，则根据法定管辖原则确定；诉讼费用一般由败诉方承担，除非双方有特别约定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。