针对您提出的“车祸对方次责任医药费保险公司赔偿了，我是主责任，剩余费用还能不能去报医保，且在三年内”的问题，以下是我的详细解答：

一、一般原则

在车祸双方都有责任的情况下，根据我国《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，应当由第三人（即事故责任方）负担的医疗费用，是不纳入基本医疗保险基金支付范围的。这意味着，在交通事故中，若双方都有责任，医疗费用原则上应由事故责任方按责任比例分担，因此不属于医保的支付范畴。

二、针对您情况的特殊分析

1. 保险公司已赔偿部分费用：

   • 既然对方次责任的医药费已经由保险公司赔偿，那么这部分费用就不再属于医保的报销范围。

2. 您作为主责任方：

   • 您作为主责任方，需要承担剩余医疗费用的主要部分。这部分费用，在正常情况下，也是不通过医保来报销的。

3. 三年内的考虑：

   • 医保的报销政策通常与时间无直接关联，而是与费用性质、责任归属等因素有关。因此，三年内这一时间因素，并不改变医保报销的基本原则。

三、特殊情况下的医保报销可能性

尽管在一般情况下，车祸双方都有责任时医保不报销医疗费用，但在某些特殊情况下，医保可能提供垫付或适当承担部分费用的支持：

1. 无法找到责任方：

   • 如果经过警方调查等方式，确实无法确定交通事故的责任方，且符合当地医保政策规定，部分医疗费用可以申请医保先行垫付。但这种情况并不适用于您，因为已经确定了双方的责任。

2. 部分费用超出责任方赔偿范围：

   • 如果即使责任方已履行赔偿责任，但仍有部分医疗费用（如后续的康复治疗费用）未得到完全覆盖，且这些费用符合医保报销目录范围和规定，那么经审核后，医保可能会适当承担部分费用。不过，这需要您咨询当地医保部门，了解具体的政策规定和操作流程。

四、处理建议

1. 及时报警并通知保险公司：

   • 发生交通事故后，应及时报警并通知保险公司，按照交通事故处理程序来确定责任和处理赔偿事宜。这是确保自身权益得到有效保障的重要步骤。

2. 咨询当地医保部门或专业法律人士：

   • 在处理医疗费用报销问题时，由于各地医保政策存在差异，且涉及法律问题，因此建议您咨询当地医保部门或专业法律人士，以了解具体的政策规定和操作流程。

综上所述，车祸双方都有责任时，医保通常不能报销相关医疗费用。在您的情况下，由于保险公司已经赔偿了对方次责任的医药费，且您作为主责任方需要承担剩余费用，因此这部分费用在正常情况下是不通过医保来报销的。如果您认为存在特殊情况或需要进一步了解医保报销政策，请及时咨询当地医保部门或专业法律人士。