侵占合同现金的违约金计算需根据合同约定及法律规定综合判断，具体分以下两种情况分析：
- 合同明确约定违约金计算方式
若合同中已明确约定“侵占现金的违约金计算标准”（如按日千分之三计算、按侵占金额的20%计算等），则优先适用合同约定。但需注意：
- 违约金过高调整：根据《民法典》第585条，若违约金过分高于实际损失（通常指超过损失的30%），法院或仲裁机构可依当事人请求予以调减。例如，合同约定违约金为侵占金额的50%，但实际损失仅为10%，则可能被调减至13%-15%。
- 违约金过低补充：若违约金低于实际损失，当事人可请求法院或仲裁机构增加至实际损失范围（需举证损失金额）。
- 合同未约定或约定不明
若合同未约定违约金，或约定模糊（如仅写“承担违约责任”但未明确计算方式），则需依据《民法典》第577条、第584条处理：
- 实际损失赔偿：违约方需赔偿守约方因侵占行为导致的直接损失（如现金被侵占期间的利息损失、因资金短缺产生的额外融资成本等）及合理间接损失（如因资金不到位导致的合同履行障碍产生的损失）。
- 举证责任：守约方需对损失金额承担举证责任，例如提供银行流水、融资合同、第三方评估报告等证据。
实务建议：
- 签订合同时，建议明确约定违约金计算方式（如“若一方侵占合同现金，需按侵占金额的每日0.1%支付违约金，且不超过侵占金额的30%”），以减少争议。
- 若已发生纠纷，需及时固定证据（如合同文本、转账记录、沟通记录等），并评估实际损失与违约金比例的合理性，以便在协商或诉讼中争取有利结果。
如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。