结论：投标法人身份证上标注“仅供代理机构申请项目使用”这一行为本身不直接违反法律规定，但需结合具体使用场景、身份证管理规定及招投标相关法规综合判断其合规性，且可能存在一定法律风险。以下从不同角度展开分析：

1. 身份证使用范围与目的的合法性

根据《中华人民共和国居民身份证法》第十三条，公民身份证可用于证明身份，但不得出租、出借或非法扣押。若法人（或其授权代表）将身份证复印件标注“仅供代理机构申请项目使用”，本质是限制身份证用途的声明，不直接违反法律禁止性规定。但需注意：

• 授权范围明确性：若法人未明确授权代理机构使用其身份证的具体项目、期限或用途，仅标注“申请项目使用”可能因授权不明导致代理机构滥用（如用于其他项目或非法用途），此时法人可能需承担因身份证被冒用产生的法律责任。
• 代理机构资质与行为合规性：若代理机构本身不具备合法资质（如未取得招投标代理资格），或使用身份证进行虚假投标、围标等违法行为，即使身份证标注了用途限制，法人仍可能因“未尽合理审查义务”被牵连。

2. 招投标活动中的身份证明要求

根据《招标投标法》及相关实施条例，投标人需提交法定代表人身份证明或授权委托书等文件。若法人身份证复印件用于此目的：

• 形式合规性：标注用途的身份证复印件若能清晰显示法人身份信息（如姓名、身份证号、照片等），且与授权委托书、投标文件等材料一致，通常可被接受。但部分招标文件可能明确要求“身份证复印件不得涂改或标注其他内容”，此时标注用途可能被视为不符合形式要求。
• 实质合规性：若法人通过标注用途限制身份证使用范围，但实际未对代理机构行为进行有效监督（如未核实代理机构是否按约定使用身份证），导致投标文件存在虚假信息或串通投标等违法行为，法人可能面临行政处罚（如罚款、取消投标资格）或民事赔偿。

3. 风险防范建议

为降低法律风险，建议采取以下措施：

• 明确授权范围：在授权委托书中详细列明代理机构使用身份证的具体项目、期限、用途（如“仅用于XX项目投标文件提交”），并要求代理机构签署承诺书，承诺不将身份证用于其他目的。
• 监督使用过程：要求代理机构在使用身份证复印件时加盖公章，并留存使用记录（如使用时间、用途说明），以便后续核查。
• 及时撤销授权：若代理机构未按约定使用身份证或存在违法行为，法人应立即书面通知撤销授权，并保留证据（如邮件、短信记录）。

总结：标注用途的身份证复印件在招投标活动中可被使用，但需确保授权明确、代理机构合规，并采取风险防范措施。若您对具体操作流程或法律责任有进一步疑问，可直接向我咨询。