在打官司的过程中，如果律师或您发现对方（或有时甚至是我方，但更常见的是对方）掌握有关键证据却未在法庭上提交，这确实是一个需要妥善处理的问题。以下是一些详细的步骤和建议，希望能对您有所帮助：

一、理解“谁主张，谁举证”原则

首先，要明确民事诉讼中的基本举证责任分配原则，即“谁主张，谁举证”。这意味着，通常情况下，提出主张的一方需要承担提供证据来支持其主张的责任。然而，当证据原件掌握在对方手中时，这一原则可能会遇到挑战。

二、申请“书证提出命令”

1. 条件与时机：

   • 当您有理由相信对方掌握有与案件关键事实相关的书证时，可以在举证期限届满前，向法院书面申请责令对方提交该书证。

2. 申请内容：

   • 申请书应详细载明所申请提交的书证名称或内容、需要以该书证证明的事实及该事实的重要性、对方控制该书证的根据，以及应当提交该书证的理由。
   • 您需要提供初步证据来证实该书证确实在对方控制之下，并且与案件待证事实有关。

3. 法院审查：

   • 法院会对您的申请进行审查，如果认为申请提交的书证不明确、书证对于待证事实的证明无必要、待证事实对于裁判结果无实质性影响，或者书证未在对方当事人控制之下等，法院可能会不予准许您的申请。

三、对方拒不提交的法律后果

1. 认定书证内容真实：

   • 如果控制书证的当事人无正当理由拒不提交书证，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十八条，法院可以认定对方当事人所主张的书证内容为真实。

2. 认定主张事实真实：

   • 如果控制书证的当事人存在特定情形（如妨碍对方使用书证等），法院还可以认定对方当事人主张以该书证证明的事实为真实。

四、实际案例参考

以您提供的案例为例，乙公司发现甲公司掌握有与案件关键事实相关的《解除合同协议书》却拒不提交。乙公司向法庭申请责令甲公司提供该书证，并提供了初步证据（如《解除合同协议书》的照片打印件）。甲公司虽否认照片的真实性，但庭审中亦认可已与丙公司就租赁合同解除问题签订协议。最终，法院因甲公司无正当理由拒不提供该书证，而采纳了乙公司提交的照片打印件记载内容，并据此对本案租赁合同的解除时间及解除原因等问题作出认定。

五、建议与策略

1. 及时沟通：

   • 在发现对方可能掌握有关键证据时，首先尝试与对方进行沟通，看是否能够通过协商方式获取该证据。

2. 准备充分：

   • 在申请“书证提出命令”时，确保您的申请内容详细、充分，并提供足够的初步证据来支持您的申请。

3. 关注法院动态：

   • 密切关注法院对您的申请的审查进度和结果，及时根据法院的要求补充材料或进行其他必要的操作。

4. 考虑其他证据：

   • 如果对方拒不提交关键证据，且法院也未能认定您所主张的书证内容或事实为真实，那么您可能需要考虑寻找其他证据来支持您的主张。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在打官司的过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询专业律师或相关法律机构。