结论前置：新公司法下，股份有限公司设有股东大会，这是公司的最高权力机构；而有限责任公司则不设股东大会，其最高权力机构为股东会。以下是对这一问题的详细解析：
一、股份有限公司的股东大会
法律定位与核心职能：
- 根据新《公司法》，股东大会是股份有限公司的最高权力机构，代表股东行使公司重大事项的决策权。其决议对公司、董事、监事及高级管理人员具有约束力（参考《公司法》第98条相关精神，虽未直接提及“股东大会”为最高权力机构，但结合股东大会的职权和地位可合理推断）。
- 股东大会的核心职能包括决定公司经营方针、投资计划、利润分配方案等根本性事项，以及选举和更换董事、监事，审议批准董事会、监事会报告等。
召集程序与表决机制：
- 股东大会的召集主体为董事会，若董事会不履行或不能履行职责，监事会可召集；监事会仍不召集的，连续90日以上单独或合计持股10%以上的股东可自行召集（参考《公司法》第101条）。
- 股东大会的表决机制包括一般决议规则和特别决议规则。一般事项须经出席会议股东所持表决权的过半数通过，而修改公司章程、增减注册资本等重大事项则须经出席会议股东所持表决权的2/3以上通过（参考《公司法》第103条）。
特殊制度与保护措施：
- 新公司法下的股东大会制度还引入了网络投票与委托代理、律师见证制度、提案权限制等特殊制度，以保障股东大会的顺利进行和股东权益的有效保护。
- 同时，通过累积投票制、征集投票权等方式提升中小股东的参与度，对关联交易等敏感事项需回避表决（参考《公司法》中关于股东大会表决的相关条款及精神）。
二、有限责任公司的股东会
法律定位与核心职能：
- 与股份有限公司不同，有限责任公司不设股东大会，其最高权力机构为股东会。股东会由全体股东组成，行使公司重大事项的决策权。
- 股东会的核心职能与股东大会类似，包括决定公司的经营方针和投资计划、选举和更换非由职工代表担任的董事、监事等。
召集程序与表决机制：
- 股东会的召集程序相对灵活，通常由董事会或执行董事召集，也可由监事会或不设监事会的公司的监事召集。在特定情况下，代表一定比例表决权的股东也可自行召集。
- 股东会的表决机制同样包括一般决议和特别决议。一般事项通常须经代表过半数表决权的股东通过，而重大事项则可能要求更高的表决权比例（具体依据公司章程或法律规定）。
股东权益保护：
- 在有限责任公司中，股东同样享有参与公司治理和决策的权利。通过股东会，股东可以表达自己的意见和诉求，维护自身权益。
- 同时，公司法也规定了股东查阅公司账簿、提起股东代表诉讼等权利，以进一步保障股东的合法权益。
总结与建议：新公司法下，股份有限公司设有股东大会作为最高权力机构，而有限责任公司则设立股东会行使类似职能。两者在召集程序、表决机制等方面存在差异，但均旨在保障股东权益和公司治理的正常运行。作为公司股东或管理者，应充分了解并遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保公司决策的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。