结论：公司通过不正规渠道开具运输发票的行为，是否构成刑事案件，需根据具体情节来判断，但该行为确实存在构成刑事犯罪的风险。

分析如下：

1. 发票管理的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。任何单位和个人不得有虚开发票行为，包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，以及介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。

2. 不正规渠道开具发票的性质：

   • 如果公司通过不正规渠道开具的运输发票与实际经营业务情况不符，即属于虚开发票行为。这种行为不仅违反了发票管理的规定，还可能涉及逃税、骗税等违法行为。

3. 刑事犯罪的风险：

   • 虚开发票行为在情节严重的情况下，可能构成刑事犯罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
   • 即使不构成上述特定的虚开发票罪，如果虚开发票行为与其他犯罪行为（如逃税、骗税等）相结合，也可能根据具体情况构成其他刑事犯罪。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，已经有多起因虚开发票而被追究刑事责任的案例。这些案例表明，虚开发票行为不仅可能面临行政处罚，还可能承担刑事责任。

建议：

• 合规经营：公司应严格遵守发票管理的规定，确保所有发票的开具都符合实际经营业务情况，避免使用不正规渠道开具发票。
• 风险防范：公司应加强内部管理，建立健全的发票管理制度，定期对发票的开具、使用情况进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题。
• 法律咨询：如果公司对发票管理或相关税务问题存在疑问，应及时咨询专业律师或税务机关，以确保合规经营并降低法律风险。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的解答。