行政案件确认违法确实适用诉讼时效，但具体适用情况需根据案件类型和法律规定来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般规定
直接起诉的时效：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这是行政诉讼时效的基本原则。
- 对于因不动产提起的诉讼，如果自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件则超过五年，人民法院将不予受理。这一规定确保了行政行为的稳定性和可预测性。
经过复议后起诉的时效：
- 如果公民、法人或其他组织对行政复议决定不服，可以在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。若复议机关逾期未作决定，申请人则可在复议期满之日起十五日内向法院提起诉讼。这一规定既保障了当事人的复议权利，也确保了复议与诉讼之间的衔接顺畅。
二、特殊规定
行政机关未告知诉权或起诉期限时的时效处理：
- 当行政机关在作出具体行政行为时，未告知公民、法人或其他组织诉权或起诉期限的，起诉期限将从当事人知道或应当知道诉权或起诉期限之日起计算。但需要注意的是，从知道或应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过一年。这一规定旨在保护当事人的知情权，并避免因信息不对等而导致的权益受损。
不知道行政行为内容时的时效规定：
- 对于公民、法人或其他组织不知道行政机关作出的行政行为内容的情形，其起诉期限将从知道或应当知道该行政行为内容之日起计算。同样地，涉及不动产的行政行为从作出之日起超过二十年、其他行政行为从作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院将不予受理。这一规定确保了行政行为的公开性和透明度，以及当事人对行政行为的及时知晓和应对。
特殊情况下的时效处理：
- 如果存在不可抗力或其他不属于当事人自身原因耽误了起诉期限的情况，被耽误的时间是不计算在起诉期限内的。这一规定体现了法律的人文关怀和灵活性，确保了在特殊情况下当事人的合法权益仍然能够得到保障。例如，因自然灾害、战争或行政机关的非法拘禁等导致无法按期起诉的，被耽误的时间不计入起诉期限。对于除前款规定外的特殊情况导致的起诉期限耽误，当事人在障碍消除后十日内可申请延长期限，是否准许由人民法院决定。
三、实际应用指导
针对具体案件，应综合考虑上述各项规定，准确判断起诉期限。特别是涉及不动产、紧急情况或行政复议等特殊情况下，更需注意起诉期限的特别规定，以免错过维权时机。例如，在房屋拆迁、土地纠纷等案件中，如果行政机关的行为被确认违法，当事人应在规定的期限内提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结来说，行政案件确认违法确实适用诉讼时效，且时效规定复杂且严格。当事人在考虑提起诉讼时，务必仔细审查自己的起诉是否符合时效要求，并在规定的期限内采取行动。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律指导。