若起诉因未在法定期限内缴纳诉讼费等原因被法院自动撤回，可采取以下措施重新主张权利：

1. 重新起诉

   • 法律依据：根据《民事诉讼法》第122条，起诉需符合“有明确的被告、具体的诉讼请求和事实理由”等条件。若原起诉因程序瑕疵（如未缴费）被撤回，原告可重新准备起诉材料（包括起诉状、证据清单等），在诉讼时效内再次向法院提交。
     
   • 操作要点：需确保新起诉的诉讼请求与原案一致（或调整合理），并注意诉讼时效中断规则（如撤回起诉后重新起诉的，时效从撤回之日起重新计算）。
     

2. 申请恢复诉讼（若符合条件）

   • 适用情形：若撤回起诉系因法院误操作（如系统错误导致未收到缴费通知），或原告因不可抗力（如突发疾病、自然灾害）未能及时缴费，可向法院提交《恢复诉讼申请书》，附相关证明材料（如医疗证明、灾害公告等），请求法院撤销撤回裁定并恢复审理。
     
   • 法律依据：参考《民事诉讼法》第157条关于“裁定适用范围”的规定，法院对程序性错误有权纠正。
     

3. 通过其他途径解决纠纷

   • 协商调解：若原被告双方仍有协商意愿，可签订书面和解协议，并申请法院出具《民事调解书》确认效力（调解书具有强制执行力）。
     
   • 仲裁或行政途径：若纠纷属于合同约定仲裁范围（如买卖合同约定仲裁条款），或涉及行政争议（如行政处罚纠纷），可依法申请仲裁或提起行政复议/诉讼。
     

风险提示：

• 若原起诉已因超过诉讼时效被驳回，重新起诉可能面临败诉风险（需结合具体案情判断时效是否中断/中止）。
  
• 重新起诉时需注意证据完整性，避免因证据缺失导致举证不能。
  

建议：若对程序操作或实体权利主张存在疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。