在工程预付款扣回时，为保证农民工工资支付，核心在于建立并执行严格的资金监管与支付保障机制，确保农民工工资专用账户资金充足且优先受偿。具体可从以下角度展开：

1. 合同条款明确约定
   在工程合同中应明确约定预付款的扣回条件、比例及时间节点，并特别注明“扣回预付款不得影响农民工工资专用账户的资金充足性”。例如，可约定“发包方扣回预付款前，需确认承包方已足额存入当期农民工工资至专用账户，否则扣回行为无效”。此条款可避免因预付款扣回导致工资支付资金链断裂。

2. 设立农民工工资专用账户并强化监管
   根据《保障农民工工资支付条例》，承包方需开设农民工工资专用账户，专项用于支付工资。发包方应要求承包方提供专用账户的银行流水及工资发放记录，并在扣回预付款前核查账户余额是否覆盖下一阶段工资支付需求。若余额不足，发包方可暂停扣回或要求承包方补足资金后再行扣回。

3. 引入第三方监管或担保机制
   可要求承包方提供银行保函、担保公司担保或第三方资金监管协议，确保在预付款扣回后，若承包方拖欠工资，发包方可直接从担保资金或监管账户中划拨款项支付工资。例如，约定“若承包方未按期支付工资，发包方有权从剩余工程款或担保资金中优先划扣工资，不足部分由承包方补足”。

4. 优先受偿权与法律救济路径
   农民工工资在工程款中具有优先受偿权（《民法典》第807条）。若因预付款扣回导致工资拖欠，农民工可向劳动监察部门投诉，或通过诉讼申请财产保全，直接冻结承包方在发包方处的未结工程款。发包方在扣回预付款时，应预留足够资金覆盖工资支付风险，否则可能面临被强制执行的风险。

5. 动态监控与预警机制
   建立工程款支付与工资发放的联动监控系统，实时跟踪预付款扣回、工程进度款支付及工资发放情况。若发现扣回预付款后工资支付资金不足，应立即启动预警，要求承包方限期整改，否则发包方可暂停后续工程款支付直至问题解决。

总结：保障农民工工资支付需以“专用账户资金充足”为核心，通过合同约束、资金监管、担保机制及法律救济等多层防护，确保预付款扣回不损害工资支付优先权。若遇具体操作问题，可直接向我咨询工程款支付与劳动保障领域的法律实务。