关于小区里面的物流公司（如快递驿站）是否合法的问题，这主要取决于几个关键因素，包括其是否遵守了相关法律法规、是否获得了必要的经营许可，以及是否得到了有利害关系业主的一致同意。

首先，从法律法规的角度来看，根据《中华人民共和国民法典》第二百七十九条的规定，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。如果业主确实需要将住宅改变为经营性用房，比如开设快递驿站，那么除了遵守法律、法规以及管理规约外，还必须取得所有有利害关系的业主的一致同意。这是保护其他业主权益的重要法律条款。

其次，即使获得了有利害关系业主的同意，物流公司或快递驿站还需要在相关部门进行登记，并取得营业执照等必要的经营许可。这是合法经营的基本要求，也是保障消费者权益和市场秩序的重要措施。

以您提供的参考信息为例，天津市南开区学府街道天大四季村23号楼家楼下的圆通快递妈妈驿站，虽然已经在工商、城管、居委会等部门进行登记，并取得了营业执照，但如果其开设过程中没有得到所有有利害关系业主的一致同意，或者存在噪音扰民等违反法律法规和管理规约的行为，那么其合法性就会受到质疑。在这种情况下，业主有权向相关部门投诉，并要求其进行整改或关闭。

因此，要判断小区里面的物流公司是否合法，需要综合考虑其是否遵守了相关法律法规、是否获得了必要的经营许可，以及是否得到了有利害关系业主的一致同意。如果物流公司或快递驿站存在违法违规行为，或者没有得到所有有利害关系业主的同意，那么其合法性就会受到挑战，业主有权采取相应的措施来维护自己的合法权益。

最后，我建议您如果遇到类似问题，可以先与物流公司或快递驿站进行沟通协商，如果无法解决问题，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。同时，也希望物流公司或快递驿站能够遵守法律法规和管理规约，尊重业主的权益，共同营造一个和谐、宜居的小区环境。