核心结论：要证明基于合作协议的合伙关系且涉及工商登记，可通过工商登记档案中的合伙协议、合伙人信息、出资情况等材料，结合其他辅助证据来综合证明。以下从不同情况详细说明：

1. 工商登记档案中的直接证据
   • 合伙协议：如果合作协议已在工商登记时提交并备案，那么工商登记档案中留存的这份合作协议就是证明合伙关系最直接、最有力的证据。它详细规定了合伙人之间的权利义务、出资方式、利润分配、亏损承担等关键内容，能够清晰地表明各方存在合伙的合意。例如，协议中明确约定了甲、乙双方共同出资经营某项目，按照一定比例分配利润和承担亏损，这就直接证明了他们之间的合伙关系。
   • 合伙人信息：工商登记中会记录合伙人的姓名、身份证号码、住所等基本信息。这些信息与实际参与合作的人员相匹配，能够辅助证明合伙关系的存在。比如，工商登记显示的合伙人名单与实际参与项目运营、决策的人员一致，就可以进一步印证合伙关系。
   • 出资情况：工商登记会对合伙人的出资情况进行记载，包括出资方式（如货币、实物、知识产权等）、出资数额、出资时间等。如果合作协议中约定的出资情况与工商登记的记载相符，这也是证明合伙关系的重要依据。例如，协议约定甲以货币出资 10 万元，乙以设备出资价值 20 万元，而工商登记中也明确记录了相应的出资信息，这就从出资角度证明了双方的合伙关系。
2. 其他辅助证据
   • 实际经营证据：除了工商登记材料外，还可以收集一些实际经营的证据来证明合伙关系。例如，合伙项目的经营场所租赁合同、设备采购发票、员工工资发放记录等，这些证据能够表明各方在实际参与项目的运营和管理，是合伙关系的实际体现。比如，租赁合同上签字的合伙人之一，或者设备采购发票上注明的购买方为合伙项目，都可以作为辅助证明。
   • 财务往来证据：合伙人之间的财务往来记录，如转账凭证、银行流水等，也可以作为证明合伙关系的证据。如果转账备注中明确注明了是用于合伙项目的出资、利润分配等，那么这些财务往来记录就能够直观地反映合伙人之间的经济关系。例如，甲向乙转账 5 万元，备注为“合伙项目出资”，这就为证明合伙关系提供了有力的财务证据。
   • 证人证言：如果有了解合伙情况的第三方证人，如合作伙伴的供应商、客户、员工等，他们的证言也可以在一定程度上证明合伙关系的存在。但证人证言的证明力相对较弱，需要结合其他证据一起使用。例如，供应商可以证明与甲、乙共同经营的合伙项目有业务往来，员工可以证明在项目中接受甲、乙的共同管理和指挥。