结论：博士定向培养协议的签字身份问题，需根据协议的具体内容、目的以及相关法律法规来综合判断，不能一概而论地说可以用合伙人身份签字而不以职工身份签字。以下从不同角度进行分析：
一、协议性质与目的
博士定向培养协议，通常是为了培养特定领域或特定单位所需的高层次人才而签订的。这类协议往往涉及教育、科研、就业等多个方面，其目的在于确保培养的人才能够符合特定单位或领域的需求。因此，协议的签订主体和身份，应当与协议的目的和性质相符合。
二、签字身份的法律意义
职工身份：如果博士定向培养协议是与某个单位（如企业、高校、科研机构等）签订的，且该单位作为培养方或接收方，那么以职工身份签字可能更为合适。因为职工身份通常与单位存在劳动关系，能够体现协议双方的法律关系和权利义务。
合伙人身份：合伙人身份通常用于描述在合伙企业或合伙关系中的法律地位。如果博士定向培养协议并非涉及合伙企业或合伙关系，而是与某个单位之间的培养协议，那么以合伙人身份签字可能并不合适。因为合伙人身份与协议的目的和性质可能不匹配，且可能引发法律上的混淆和争议。
三、法律法规的考量
在签订博士定向培养协议时，还需要考虑相关法律法规的规定。例如，如果协议涉及劳动关系的建立、变更或终止，那么应当遵守《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。这些法律法规对劳动关系的主体、内容、变更和终止等方面都有明确的规定，签字身份的选择应当符合这些规定。
四、实际操作建议
明确协议目的和性质：在签订博士定向培养协议前，应当明确协议的目的和性质，以便选择合适的签字身份。
咨询专业法律意见：由于博士定向培养协议可能涉及复杂的法律关系和权利义务，建议在签订前咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
仔细审查协议条款：在签订协议时，应当仔细审查协议条款，确保条款内容明确、合法、有效，并符合双方的真实意愿。
如果您在博士定向培养协议的签订过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。