农作物被人破坏后，鉴定机构本身不直接进行赔偿，但鉴定结果是确定赔偿金额的重要依据，赔偿需由破坏者承担，具体赔偿方式需根据实际情况确定。以下从多个角度详细说明：

一、鉴定机构的作用

鉴定机构在农作物被破坏案件中，主要承担对农作物损失程度、价值等方面的鉴定工作。其出具的鉴定报告是确定赔偿金额的重要依据，但鉴定机构本身并不承担赔偿责任。

二、赔偿责任的承担主体

1. 直接破坏者：如果农作物是被他人故意破坏，那么直接破坏者应当承担赔偿责任。赔偿范围通常包括农作物的直接损失（如市场价值损失）以及因破坏行为导致的间接损失（如预期收益损失）。
2. 第三方责任：在某些情况下，如果破坏行为是由第三方（如施工单位、运输车辆等）在作业过程中造成的，那么第三方也可能需要承担赔偿责任。这需要根据具体案件情况和相关法律法规进行判断。

三、赔偿金额的确定方式

1. 协商确定：在双方对赔偿金额无争议的情况下，可以通过协商的方式确定赔偿金额。这种方式灵活简便，有助于快速解决纠纷。
2. 鉴定评估：如果双方对赔偿金额存在争议，可以委托鉴定机构对农作物的损失程度、价值等进行评估，并根据评估结果确定赔偿金额。鉴定报告具有客观性和权威性，有助于减少纠纷。
3. 诉讼解决：如果双方无法通过协商或鉴定评估解决纠纷，可以向人民法院提起诉讼。法院将根据案件事实、相关法律法规以及鉴定报告等证据材料，依法判决赔偿金额。

四、实际操作建议

1. 及时报警并保护现场：在发现农作物被破坏后，应立即报警并保护好现场，以便警方进行调查取证。同时，也可以拍摄现场照片或视频作为证据。
2. 委托鉴定机构进行评估：在双方对赔偿金额存在争议时，可以委托具有资质的鉴定机构对农作物的损失程度、价值等进行评估。评估结果将作为确定赔偿金额的重要依据。
3. 寻求法律援助或咨询：在处理此类纠纷时，如果感到困惑或无助，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师将根据案件情况提供专业的法律意见和帮助。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。