当登记机关发现法人被列为失信人员时，处理方式主要依据相关的法律法规以及信用修复管理办法来进行。以下是对此问题的详细解答：
一、失信人员的认定与惩戒
首先，法人被列为失信人员，通常是因为其企业存在严重的违法失信行为，如拒绝提供统计资料、提供不真实或不完整的统计资料、拒绝答复或不如实答复统计检查查询书等。这些行为一旦被认定，且情节严重，法人及其企业就会被列入失信名单，并受到相应的惩戒措施。
惩戒措施可能包括：
- 公示失信信息：相关机构会在其门户网站或公共信用信息平台上公示失信企业的信息，包括企业基本信息、统计违法行为、依法处理情况等。
- 限制市场准入：失信企业在政府采购、工程招投标、国有土地出让、授予荣誉称号等方面将受到限制或者禁入。
- 加强日常监管：相关部门会加强对失信企业的日常监管，适当提高抽查频次，指导企业改正违法行为。
二、信用修复的条件与程序
对于被列入失信名单的法人及其企业，并非没有挽回的余地。根据国家市场监管总局公布的《市场监督管理信用修复管理办法》以及国家统计局公布的《统计严重失信企业信用管理办法》，失信企业可以在满足一定条件后申请信用修复。
信用修复的条件通常包括：
- 履行法定义务：失信企业必须已经履行了行政处罚决定中规定的义务，如缴纳罚款、改正违法行为等。
- 作出守信承诺：失信企业需要作出守信承诺，表示将严格遵守法律法规，不再发生类似违法行为。
- 满足时间要求：根据失信行为的严重程度，失信企业需要在被列入失信名单满一定期限后（如一年或五年）方可申请信用修复。
- 未再发生失信行为：在申请信用修复前，失信企业必须未再发生同类失信行为。
信用修复的程序通常包括：
- 提交申请：失信企业需要向作出认定的机构提交信用修复申请，并提供相关证明材料。
- 审核与决定：作出认定的机构会对失信企业的申请进行审核，并根据审核结果决定是否同意信用修复。
- 移出失信名单：如果同意信用修复，作出认定的机构会将失信企业的信息从失信名单中移出，并同步更新相关公共信用信息平台上的信息。
三、建议与注意事项
对于法人及其企业来说，被列入失信名单无疑是一个严重的打击。因此，建议法人及其企业：
- 严格遵守法律法规：确保企业的所有行为都符合法律法规的要求，避免发生违法行为。
- 及时履行法定义务：如果企业发生了违法行为并受到了行政处罚，必须及时履行法定义务，如缴纳罚款、改正违法行为等。
- 积极申请信用修复：如果企业被列入了失信名单，且满足了信用修复的条件，应积极申请信用修复，以恢复企业的信用状况。
综上所述，当登记机关发现法人被列为失信人员时，会根据相关法律法规和信用修复管理办法来处理。失信企业可以通过履行法定义务、作出守信承诺并满足一定条件后申请信用修复，以恢复其信用状况。